目前常见的去除咖啡因的方法，主要有利用有机溶剂法、利用分子印迹聚合物技术，以及利用基因重组培植低咖啡因的咖啡树等方法。
撰文＝张金坚、蔡崇煌（以医师的立场，整理出咖啡的优点与缺点）
希望避免摄取过量的咖啡因，又想品尝咖啡的风味，有几种常见去除咖啡因的方法，其实也不是完全无咖啡因，只是量极少罢了，含量＜2.5％即可称无咖啡因咖啡，以下是去除咖啡因的方法介绍。
有机溶剂法是利用二氯甲烷、乙酸乙酯等混合溶剂通过已浸湿润的咖啡豆，将咖啡因萃取出来，然后用蒸气去除残留的化学物质，最后将有毒废液回收。释出的咖啡因可以转卖给药商制成止痛锭，或是转卖制作成含有咖啡因的饮料。
二氯甲烷是一种用作溶剂的化学物质，无色透明，具芳香气味，微溶于水，可从很多原材料中提取咖啡因，因为咖啡因分子会与二氯甲烷结合。原材料在水或蒸汽中会软化，下一步是用二氯甲烷处理原材料，可采用以下两种方法：1直接法，直接将原材料浸入二氯甲烷，以除去咖啡因，不易影响咖啡豆风味;2间接法，将原材料浸入水中，以提取溶于水的咖啡因，此过程还会提出很多香味和油，因此，用二氯甲烷处理的溶液，须再将材料浸入溶液，重新吸收香味，但还是较易失去部分风味。
因为很多天然水果中含有乙酸乙酯，所以经乙酸乙酯处理的产品称为“自然脱咖啡因”，抽取咖啡因的方法与二氯甲烷处理过程相同，只不过溶剂换成了乙酸乙酯。
使用二氧化碳脱咖啡因时，要用二氧化碳高压加热，用水软化的原材料。二氧化碳在高温、高压（250——300大气压）条件下处于超临界状态，可以利用液体的密度及气体的扩散性渗入咖啡豆，将咖啡因溶解。这样的特性可降低将二氧化碳注入咖啡豆的花费。香味的分子较大，因此不受影响，这也是该处理方法能更好地保留原材料香味的原因，其不会造成咖啡豆损伤、色泽不会改变，也不容易萃取咖啡因以外的物质。另外，含高浓度咖啡因的二氧化碳经活性碳或水以吸取其中的咖啡因后，可再度送回萃取槽使用。此方法使用的二氧化碳无毒，且可以去除大部分的咖啡因，唯技术成本较为昂贵，市面上较少见到此法的产品。
用水处理咖啡因过程与使用二氯甲烷处理的间接法相似，但不使用化学物，此法生产的价格较为昂贵。将湿润的咖啡豆浸置在已经过降低咖啡因的水与绿咖啡豆的混合萃取液中，咖啡豆里高浓度溶液的咖啡因会因为渗透作用，跑到咖啡因浓度较低的溶液中，再将去除了咖啡因的咖啡豆清洗及干燥。用经过碳水化合物处理过的活性碳过滤含有高咖啡因的萃取液，这些碳水化合物会阻止活性碳吸附当中的糖类及其他咖啡中的香味的物质，却不影响活性碳对咖啡因的吸收。这些经去咖啡因处理后的溶液，就会保有增进咖啡滋味及香气的物质，因此可以再注入咖啡豆里。水处理法不但没有使用任何有害的化学物质，还可以去除94——96％的咖啡因。
利用分子印迹聚合物技术去除咖啡因
分子印迹聚合物（Molecularly Imprinted Polymer；MIPs）的目标是高分子，能依照咖啡固定的结构模式找到一组符合咖啡因的官能性单体，制成吸附型胶囊，只允许咖啡因进入，如此便可分离出咖啡因。
近年在爪哇及科特迪瓦已栽培出
低因咖啡品种的咖啡豆，2008年于喀麦隆发现的天然无咖啡因品种（Coffea Charrieriana）当选为最有趣的新品种，但少了咖啡因，抗病力会变差。
奈良先端科学技术大学院大学的研究小组，尝试利用基因重组技术，培植出低咖啡因的咖啡树，此研究已有初步的结果，他们抑制了咖啡因基因合成时三个基因阶段性机能发挥中的第二基因，且不会影响咖啡香味，用这种方式培植的咖啡树4年后所生成的咖啡豆中之咖啡因含量确实下降许多。
使用这些方法中的任意一个都不能完全除去咖啡因，但根据美国联邦法规，标示为“低咖啡因”的产品的咖啡因含量不得超过产品的2.5％。大多数在加工过程中去除的咖啡因，可用于生产其他产品，如药物和某些机能饮料，例如可乐饮料中只有不到5%的咖啡因实际上来自于可乐果，很多受欢迎的“高咖啡因”软饮料根本不含可乐果萃取物，其咖啡因含量主要来自于从咖啡萃取的咖啡因。
