在19世紀進入肯尼亞，當時埃塞俄比亞的咖啡飲品經由南也門進口到肯尼亞。但直到20世紀初，波旁咖啡樹才由聖．奧斯汀使團(St．AustinMission)引入。

肯尼亞咖啡大多生長在海拔1500--2100米的地方，一年中收穫兩次。爲確保只有成熟的漿果被採摘，人們必須在林間巡迴檢查，來回大約7次。肯尼亞咖啡由小耕農種植，他們收穫咖啡後，先把鮮咖啡豆送到合作清洗站，由清洗站將洗過曬乾的咖啡以“羊皮紙咖啡豆”(即外復內果皮的咖啡豆)的狀態送到合作社(“羊皮紙咖啡豆”是咖啡豆去皮前的最後狀態)。所有的咖啡都收集在一起，種植者根據其實際的質量按平均價格要價。這種買賣方法總體上運行良好，對種植者及消費者都公平肯尼亞北鄰阿拉比卡咖啡樹的原產地衣索匹亞，但遲至二十世紀初交，纔開始從事咖啡栽培業，十九世紀傳教士從葉門引進阿拉比卡樹，但未大量栽種，直到一八九三年，又引進巴西古老的波旁咖啡種籽，才大規模栽培咖啡，也就是說，肯尼亞咖啡帶有巴西血統，由於水士、氣候和處理方式回異，肯尼亞豆風味和巴西豆截然不同。 巴西咖啡的栽種海拔低，質地較軟，果酸味不明顯。反觀肯尼亞咖啡樹主要集中在肯尼亞山附近的坡地，海拔約四千英尺至六千五百英尺，此高度適合咖啡豆發展風味，因爲山區溫度較低，成長較慢，咖啡豆的芳香成分得到充分發展，果酸味更爲明顯，質地也較硬。另外，肯尼亞早期是英國殖民地，英國人已建立一套完善的栽培、品管制度。肯尼亞獨立後，咖啡業在既有基礎上。

肯尼亞的咖啡農莊有兩個類型，一種是佔地五英畝以上的大型栽植場，不過海拔平均較低，就肯尼亞咖啡而言，大農莊的咖啡豆品質只能算中等。極品肯尼亞豆則產自小型農莊，多半位於五、六千英尺以上的山麓或火山坡地，每戶小農每季產能只有二十至七十袋左右，無力投資昂貴的水洗處理廠，但小農很團結，集合數百戶或數千戶成立合作農場，由政府出資興建水洗處理廠，小農採摘的咖啡果子就送往合作農場，統一加工，先剔除半生不熟或爛掉的果子，再進行去皮、發酵、分解果肉，取出咖啡豆，再幹燥和磨光，整個過程由官方的咖啡管理局督導，相當嚴謹，確保了肯尼亞咖啡的品質。肯尼亞豆的水洗加工技術及高標準品管，一直是產豆國表率。