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　　咖啡樹主要可分爲兩大品種:阿拉比卡種(coffea arabica)與羅布斯塔種(coffea robusta/coffea canephora)(市場上不多見)。 阿拉比卡(Coffea arabica)種，是最傳統的阿拉伯咖啡品種。原產於東非，在西元15世紀以前，咖啡長期被阿拉伯世界所壟斷，因此被歐洲人稱爲“阿拉伯咖啡”。

　　原來世界上的商品咖啡都是小粒咖啡，只是到了19世紀末，發生了一次大面積的病害，種植者纔開始尋找其他抗病的品種，目前小粒咖啡仍然是最主要的咖啡品種，約佔世界咖啡總產量的3/4。主要在拉丁美洲各國種植，也有部分在印度尼西亞和太平洋島嶼種植。目前世界最大的咖啡產地巴西的地理氣候條件非常適合小果咖啡的生長，種植的主要咖啡品種也是小粒咖啡，巴西的咖啡產量佔世界總產量的1/3以上。 小粒咖啡的果實比中粒咖啡和大粒咖啡要小，漿果橢圓型，一般內有兩粒種子，即所謂的“咖啡豆”。

　　亞種: 小粒種咖啡阿拉比卡種(Coffea arabica)系列中三個出現較早的亞種是∶藍山亞種(varietal Blue Mountain)，鐵畢卡亞種(varietal Typica)以及波邦亞種(varietal Bourbon)。牙買加藍山是公認世界上最好的咖啡。鐵畢卡咖啡原產於埃塞俄比亞及蘇丹的東南部，是西半球栽培最廣的咖啡變種，在夏威夷產量較高;夏威夷可那，是和藍山咖啡不相上下的，在價格上也只有1~3美金的差距。波邦亞種是十八世紀由法國移民從波邦島(Island of Bourbon，今天的法屬留尼旺島 Island of Reunion 位於馬達加斯加島東邊的印度洋中)傳入美洲，如今在巴西等西半球產地廣泛種植，在中國雲南有少量種植。波邦亞種的咖啡因含量比鐵畢卡亞種高20%~30%，但是要少於絕大多數咖啡亞種。

　　主枝最初和主幹呈45度向上生長，隨果實負荷下垂，側枝節部較密，結果多，產量較高。但漿果較小，成熟較快，因此不耐強風及大雨。波邦咖啡是小粒咖啡中僅次於鐵畢卡的變種，結果多，產量較高，但漿果較小，成熟較慢; 中國雲南種植的小粒咖啡主要是鐵畢卡亞種和波邦亞種，從咖啡的植物學角度來講，雲南小粒咖啡和公認最優秀的牙買加藍山(Jamaica Blue Mountain)、夏威夷可那(Kona)有基因上的相近性。

　　羅布斯塔種(學名Coffee Robusta Linden)。在非洲剛果發現的耐葉鏽病品種，較阿拉比卡種有更強的抗病力。一般咖啡市場上，很多人都喜歡將羅布斯塔種和阿拉比卡種咖啡豆相提並論，這是不正確的。事實上羅布斯塔種原是剛果種(學名:Coffee Canephora)的突變品種，和阿拉比卡相提並論的應該是剛果種。然而時至今日，羅布斯塔種已爲一般人常用，而不知其其實是剛果種的變異種類。

　　阿拉比卡種咖啡豆生長在熱帶地方較冷的高海拔地區，那不適合阿拉比卡種生長的高溫低海拔地帶，就是羅布斯塔種的天地了。羅布斯塔多種植在海拔200-600米的低地，喜歡溫暖的氣候，要求溫度是24~29℃，對降雨量的要求並不高，但是，該品種要靠昆蟲或風力傳授花粉，所以，咖啡從授粉到結果要9—11個月時間，相對阿拉比卡種要長。

　　羅布斯塔種肯有獨特的香味(被稱爲“羅布味”，有些人主爲是黴臭味)與苦味，如果取2—3%的比例混合到其他咖啡裏，那整杯咖啡都成了羅布味了(因此，羅布斯塔種咖啡豆是不可以作爲單品咖啡豆飲用的)。它的風味是如些鮮明強烈，不過若想直接品嚐它恐怕得先有心理準備。一般情況，羅布斯塔咖啡被用於即溶咖啡(其萃取出的咖啡液大約是阿拉比卡種的兩倍)、罐裝咖啡、液體咖啡等工業生產咖啡上。其咖啡因的含量遠高於阿拉比卡種，大約爲3.2%左右。

　　羅布斯塔種的咖啡樹是一種介於灌木和高大喬木之間的樹種，葉片較長，顏色亮綠，樹最高可達10米，但樹根卻很淺，果實比阿拉比卡咖啡的果實略圓，也略小，豆身扁圓，中間坑紋直。 羅布斯塔種的產量佔咖啡豆產量的25%—35%，其主要生產國在印尼(其出產的咖啡豆中有一個品種是一種水洗法加工的咖啡豆，是羅布斯塔種與阿拉比卡種的雜交品種，是中國市場上唯獨一種可以用做單品飲用的咖啡豆)、越南、非洲、(以象牙海岸、奈及利亞、安哥拉爲中心的西非諸國)、近年來越南更致力於咖啡生產，並將其列入國家政策中(越南也生產少部分的阿拉比卡咖啡豆)。