當咖啡果實從山上採收下來後 ，接下來的就是去除果皮及果肉以取得的咖啡豆 。主要的處理方式有兩種 : 水洗及日曬。 但最終決定因素在於是否有充足的水源可以使用。有些特殊的精品咖啡同時採用日曬及水洗的兩種方式。

　　水洗需要使用特殊的機器設備及充足的水源。當適當的處理後，可以更加突顯咖啡豆本身的特殊特性。而且，不良豆的數量也可以在水洗過程中大量移除，讓咖啡豆的質量更加的提升。水洗咖啡的程序在中美洲及南美洲國家被廣泛的使用。

　　咖啡豆在採收後，初步會先做簡單的挑選已去除雜質。之後，一卡車一卡車的貨車會將咖啡豆載到併到入大型的水槽中，乾淨且流動的水會將咖啡豆衝至水道中清洗。成熟的咖啡豆應密度較高，會沉在水道下面。而破損的咖啡果實、樹枝、樹葉、及較輕的雜質會浮在水面上，由水道的上方用濾網做隔離並移除。

　　在經過水道的清洗及分類後 ，成熟的果實會經過去果肉機將果肉移除。這個步驟是與日曬咖啡最不同的地方，因爲在日曬前咖啡果肉與咖啡豆已經先行分離。

　　咖啡豆的外層這時候還有一層黏稠軟質的羊皮紙包着，剛好可以保護咖啡豆的完整性。水洗程序應該在咖啡採收後應立即進行，以避免果肉腐爛造成味道沾染讓咖啡豆的質量降低。

　　之後 ，咖啡豆會被放至於機械式的濾網上。搖動的濾網會在將上個水洗步驟沒分離的未成熟豆及不良豆分離。成功濾過的咖啡豆二度放至於水道中，用清水做再次的清理與分類。

　　由於經過去果肉機，勢必會有些殘留的果肉還附着在咖啡豆的羊皮紙上。咖啡豆這時候會被放置於發酵槽中用天然的酵素去分解這些殘留的果肉及羊皮紙。通常發酵過程在 24-36小時內結束，時間長短取決於溫度、殘餘果肉的厚度、及酵素的濃度。再來，咖啡豆會再用清水洗淨直到果肉及羊皮紙移除。發酵過程必須嚴格監控，不然，一些不良的酸味或味道會沾染在咖啡豆上。在處理完後，咖啡豆的表層會變的較爲粗糙，不具先前的黏稠感。

　　在經過發酵及水洗後的咖啡豆 ，含水量約爲 57% 。由於咖啡豆過度潮溼，通常會用機器烘乾或日曬方式將含水量降低至 12.5% 。如果使用機器烘乾，通常 2-3 天就可以有效的降低含水量至理想數據。如果使用日曬方式，需要天氣配合，且相對時間將延長到 1-2 周。

　　當有效降低咖啡豆含水量到達 12.5% 後，咖啡豆會被儲藏起來等待出口。最後，在咖啡出口前，幹掉羊皮紙及最後一層的銀皮會使用機器移除。然後，再經過清理、篩選、分類、分級、及包裝等步驟。

　　水洗的咖啡豆可讓咖啡的口感較爲乾淨無雜味及具有迷人的果香味。 水洗後的咖啡豆顏色會較偏向藍綠色或灰綠色。 水洗過程的咖啡口感較清澈、明顯亮麗、且不帶雜味。