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優質的烘豆雖然重要，但如何完善保存豆子更是一個關鍵的問題。咖啡也是一種食物，因此須好好保存以確認其狀態安定、不會變質。雖然包裝上會寫着保質期1年，但事實上豆子的保存與咖啡豆內部氣體流失的時期有關。大致上來說，由愈大臺烘豆機所烘出的豆子，排放出氣體的時間就愈長，保存時間也較長；而烘豆機愈小，烘出的豆子賞味期限也愈短。從烘焙容量30公斤以下的烘豆機所烘出的豆子，通常會認爲要在1個月內使用完較好。若咖啡豆的脂肪成份氧化，產生像是食用油酸掉或菸灰般的味道時，就不要在食用了。
以未磨碎的狀態來保存咖啡豆
咖啡從磨碎的那瞬間起，其所帶有的香氣粒子便會開始快速向空中逸散，因此在磨碎後，即使只經過較短的時間，也會有大量香氣飄散出去。所以若將咖啡豆磨成粉後保存的話，會發現義式濃縮咖啡機旁邊都會有一臺磨豆機，這就是爲了要儘量保存咖啡的香氣，在一磨好咖啡粉後就馬上進行萃取，讓咖啡香儘可能地融入咖啡中。
保存在沒有溼氣的地方
烘豆完畢的豆子水分含量通常在1～2％之間，若天氣潮溼時便會吸入水分，吸收的水分就會對咖啡產生影響。這種現象被稱爲「非意料中的提前萃取」，會使咖啡的香氣快速變質，且產生不好的氣味。
使用密封的容器或包裝
雖然說烘好的咖啡豆因爲含水量少，所以不會腐壞。但另一方面，因爲咖啡是種子作物，所以含有相當高含量的脂肪質，若和氧氣接觸的話，就會開始發酸腐敗。因此儘量使用能隔絕氧氣的密閉式容器較好。在保存咖啡時，最重要的便是隔絕光線及外部的空氣。基於這個原因，裝咖啡的袋子幾乎大部分都鍍了鋁，使袋子能阻隔空氣及防止光線透入。
最好的保存方式便是使用鍍錫罐頭來保存咖啡。但去到大部分的咖啡專賣店會發現，很多店家都是使用透明的密封瓶來保存咖啡。這是基於陳列的考量，因爲店家必須要將咖啡展示出來才賣得出去。而這類咖啡店的咖啡通常很快就被賣出去了，所以因保存失當而產生不好味道的可能性可以說極小。
保存在室溫10～20度較好
咖啡在室溫中味道變質之前，快點消耗完比較好。不過，如果是在不得已的情況下保存大量咖啡，且在發酸之前用不完的話，把咖啡放進冰箱保存也是一個方法。
但一般的冰箱會同時存放有其他的食物，因此若將咖啡與食物們放在一起的話，咖啡可能會吸收這些氣味，因此不太建議這麼做。若非不得已一定存放在冷藏的話，使用能完全密封的容器會較好。
冷凍的話可以保存得更久些，但還是有許多必須要注意的地方。從冷凍庫拿出來後，如果馬上就開封的話，因爲溫差的關係，豆子表面會凝結溼氣。因此從冷凍庫中取出存放的豆子後，如果馬上就打開來倒出想要的量，然後再次把豆子放回冷凍庫，反覆進行幾次這樣的動作的話，就會讓豆子產生菸灰氣味般不好的味道。
從冷凍庫拿出咖啡後，先不要開封，在室溫中放置1～2個小時後，等豆子的溫度回溫到跟室溫差不多時，再萃取咖啡。或事先將一次要喝的份量裝在小夾鏈袋中保存也是一個方法。
