手工分揀有效率，訣竅在分揀流程規則化
親手從大量的咖啡豆中挑出
瑕疵豆，是件相當耗時費工的作業。不過，只要抓到訣竅就能夠有效率進行。
挑出生豆中的瑕疵時，建議在無光澤的黑色托盤上攤開豆子。像發酵豆或未熟豆顏色會稍微偏黃，使用深色托盤比較容易辨別出來。至於烘豆後的手工分揀作業，爲了容易看出烘焙顏色的差異，同樣把熟豆攤開在鋪了棕色棉布的托盤上，可讓分揀工作更輕鬆。
將咖啡豆攤開後，即可開始挑出瑕疵豆，不過毫無章法的作業方式只會浪費更多時間。讓手工分揀作業更有效率的訣竅，就是先決定作業的優先順序，思考該從哪種瑕疵豆開始挑起。首先，檢查的順序是“顏色>光澤>形狀”。先剔除“顏色”明顯不同於生豆的異物與黑豆之後，再來就是沒有“光澤”的死豆、發酵豆以及未熟豆，最後則是“形狀”奇怪的貝殼豆、蟲蛀豆等瑕疵豆。
關於手工分揀出的瑕疵豆比例，水洗法處理的生豆中約有15——30％、日曬生豆則會佔40％。若一開始就能購入瑕疵少的生豆，當然最爲理想；然而瑕疵難以避免，因此要預先估計扣除瑕疵豆後會減少的數量，才能推算必需的購買量。因爲一顆瑕疵豆，導致花費時間與精力衝煮的咖啡毀於一旦，是十分可惜的事；爲了避免遺憾，如果難以判斷是正常還是瑕疵豆時，果斷地挑出來會比較保險。
咖啡豆中常見的雜質：
1、石頭
在陽光下自然曬乾的咖啡豆多半會混雜小石子、砂礫、木片等異物。偶爾也會發現玻璃片或硬幣等。
2、穀類
與石頭的情況相同，在陽光下自然曬乾的咖啡豆可能混入玉米等穀類或種子，也曾經看過胡椒粒。
常見的瑕疵豆型態：
1、貝殼豆、破裂豆
因爲發育問題而變成貝殼狀的豆子，稱爲“貝殼豆”；處理過程或運送時損傷的豆子，則稱爲“破裂豆”，兩者都會造成烘焙不均勻。
2、發酵豆
採水洗法處理時，在發酵槽產生污染性發酵的豆子。採收後延遲處理或保存不當也會產生，烘豆時會散發怪味。
3、蟲蛀豆
因爲咖啡果小蠹等害蟲於咖啡樹上產卵，孵化後的幼蟲啃食咖啡果實形成蛀洞，是造成咖啡濁味或怪味的原因。
4、發黴豆
因未完全乾燥、運送過程或保存不當而發黴的豆子，即使烘焙過後仍會殘留黴味。
5、未熟豆
咖啡果實尚未成熟就被採收的豆子。混入未熟豆的咖啡會有強烈腥臭味，散發出讓人噁心、惡臭難聞的味道。
6、黑豆
在採收前就掉落變黑的豆子，或是完全發酵受損的豆子。是導致咖啡濁味及腐敗臭味的來源。
7、死豆
未能正常結出果實的豆子，會導致咖啡風味偏淡及產生怪味。烘焙後的顏色也不佳，因此烘焙後較容易辨別。
8、臭豆
在附着果肉的狀態下乾燥，或果肉去除不完全的豆子。臭豆會釋放出碘的氣味或土味。
9、羊皮膜豆
因爲脫殼不全等原因，殘留內果皮的豆子，是造成咖啡出現澀味或雜味的原因。
可利用黑色不會反光的托盤辨別生豆
