咖啡灌腸的方法與一般灌腸大同小異，都能清腸、排宿便，不過使用的灌腸液是咖啡液。早在 兩千年前，歐洲的古書中已有咖啡灌腸的記載，而第一次世界大戰時，缺乏麻醉劑，咖啡灌腸因爲 有止痛的效果，曾被德軍在開刀時用來減輕病患的痛苦。後來德國有兩位醫學院的教授，以老鼠進 行咖啡灌腸試驗，發現不僅能清腸、止痛，還有促進肝臟排毒的效果，進而奠定了咖啡灌腸的醫療背景。
1981 年，華登堡醫師以科學證明咖啡含有的成分，可幫助酵素分解血液中的毒素，使得有數十年傳統的咖啡灌腸法重新受到肯定。美國新谷弘實醫師更以其本人三十年咖啡灌腸的經驗及病患的臨牀結果，參考上述的研究數據，著書大力提倡咖啡灌腸，在全世界造成熱烈迴響。
現代著名的自然療法之父葛森醫師，在以補充有機生長的新鮮蔬果爲基礎而發展出的排毒理論中，最推崇咖啡灌腸，他在治療癌症病患時，提供癌症病患大量的蔬果汁，這些蔬果汁有快速排毒 作用，使病人的血液裏充滿了大量肝臟無法及時排除的毒素，所以葛森用一天五至六次的咖啡灌腸， 幫助肝臟解毒，以舒緩患者因大量毒素排到血液中所造成的昏沉感甚至頭痛。葛森醫師提倡的代謝 療法重點就是結腸清潔。第一先清腸排毒，第二補充完整營養，最後才能對抗疾病。
選擇以
有機咖啡來灌腸的原因還包括：咖啡中所含的成份如丹寧酸、咖啡因等能刺激腸道蠕動，擴張腸壁的血管並緩和腸炎，菸鹼酸能加速脂肪代謝從而降低脂肪。再加上咖啡成分還能透過腸道 的直接吸收，促進肝臟谷胱甘肽的活性，而達到加速排毒的效果。
谷胱甘肽爲肝臟解毒和消除自由基最重要的酵素之一，它是一種抗氧化的酵素，可以避免自由 基對身體的傷害，同時幫助抵抗抽菸、飲酒所造成的肝損傷，也是重金屬與藥物的解毒劑。原本酵 素是人體自己會合成的，但是體內酵素會隨著年齡增長和飲食習慣不好而減少。
不直接用喝的，而要用灌腸的方式來排毒，原因在於，咖啡用喝的會先經過胃和小腸，咖啡中 的丹寧酸會刺激胃壁，更主要的是咖啡裏的很多有益成份活性會因消化液的作用而減弱甚至消失。 很多人喝咖啡會心悸，是因爲咖啡成分經由胃和小腸等上消化道吸收，直接跟着血液進入腦部及心 髒，纔有提神效果和心悸的產生。但是如果用灌腸的方式，讓咖啡從下消化道的直腸直接灌入，咖啡中的丹寧酸可以殺死直腸中的壞菌，同時刺激大腸蠕動。而咖啡成分和茶礆也會經由大腸直接吸 收至肝臟，促使迅速打開膽管，刺激肝臟分泌解毒酵素，讓肝臟的解毒物質順利排出，而達到排毒 目標。咖啡灌腸是利用“肝循環”，從下消化道的直腸直接將咖啡中的成分吸收進入肝臟，肝經過解毒之後再釋放出來，因此即使經過心臟也不會產生心悸。
●咖啡灌腸的效果
1.可改善便祕，增加益菌，保持腸內微生物的平衡。
2.有助於預防人體老化。
3.可幫助改善異位性皮膚炎、蕁麻疹等過敏症狀。
4.促進血液循環、淋巴腺循環，進而改善多種皮膚問題。
5.可促進新陳代謝，對於肥胖者控制體重有所幫助。
6.排除體內毒素後，可改善慢性疲勞、頭痛或肩膀痠痛等症狀。
7.可幫助改善肝功能，使身體狀況良好。
8.可預防便祕及改善生活習慣。
●咖啡灌腸適用人羣
1、各種便祕、排便不暢或不能每日按時排泄的人；
2、腰圍粗大、飲食結構不合理、大便不爽快的，肥胖的人羣；
3、有口臭、痤瘡、色斑、面色灰暗、皮膚沒有光澤的人；
4、高脂肪、高血壓伴有大便淤結；
5、便祕並有心腦血管疾病的人羣；
6、對通便產品產生依賴或反覆通便未根本解決的人羣；
7、希望身體狀況良好、希望健康長壽的人羣。
●咖啡灌腸不適合的人羣
1、沒有體力或身體不好的人：若體力不好、身體虛弱的人，進行灌腸後會急速排便，可能引 起體內鈉或鉀等礦物質的平衡失調，進而引起貧血現象
2、痔瘡出血、直腸有出血性傷口患者：插管操作及咖啡酸會刺激到傷口，可能會使之惡化。
3、孕婦：孕婦不宜進行咖啡灌腸，尤其在懷孕初期更是禁忌，過於刺激腸道可能引起子宮異 常收縮。
4、小孩及失去意識的人：十歲以下的小孩除非有嚴重便祕，以及臥牀、失去意識的患者或老 年人皆不適合。
5、罹患嚴重腸胃疾病的人：患有大小腸疾病的患者，最好先請教胃腸專科醫師之後再進行。
6、中度及以上高血壓、心臟病及正在患其它嚴重疾病的人。
