收成果實後到出貨上市前要先去除外皮、果肉、內果皮及銀皮。其方法有乾燥式(亦稱天然法或非水洗式)與水洗式兩種。

　　乾燥式方法較爲單純。首先，將剛採下的果實廣佈在曝曬場上一兩個星期，直到果實發出霹啪的聲音爲止，自然乾燥之。之後，以脫殼機將幹掉了的果肉、內果皮和銀皮去除。 以這種方式精製而成的咖啡豆，呈微酸而略有苦味。幾乎所有巴西產的咖啡豆、衣索比亞、葉門等地之咖啡豆都是以這種方法取得的。這種方法的缺點是容易受天候的影響，以及易摻入瘕疵豆和其它雜質。 因此，必須細心地加以師選才行。

　　另一種方式則是水洗式，即將收成的果實放入流動的水槽，除去浮在水面的果實之後，以果肉去除機剝除外皮和果肉。再放入水槽，將浮出的果肉去除。之後，移入發酵槽，浸泡半天至一天，再將發酵的咖啡豆表面上的膠質溶掉。再以水洗過後，曬乾數日後以機器乾燥之，最後用脫殼機將內果皮去除，即成爲可作爲商品的生咖啡豆。水洗式的咖啡豆較以乾燥式而得的咖啡豆，色澤較美，且雜質也較少。哥倫比亞、墨西哥、瓜他馬拉等國產量的70%左右都採此一方法。 有時在發酵過程中，若處理不當將可能發出發酵臭及其特有的酸味;但處理得當的話，各種豆都能夠散發出其獨有的咖啡香來。 爲了能夠完整地送到目的地，生咖啡豆被裝入麻袋中放在特殊的貨櫃裏，展開遙遠的商船旅行。