溼處理過程需要更大的資金投入和更多的精力，但此法卻有助於保證咖啡豆的質量，減少損害。乾溼兩種方法最主要的區別是：在溼處理過程中，果肉被立即從咖啡豆上分離開，而不像乾燥法那樣讓其變幹。

　　果肉在分離機中是這樣被分離的——在具有一個固定面和一個活動面的機器中或者在有可活動杆的機器中，果實被壓碎，從而果肉與咖啡豆分離。爲了保證咖啡豆的質量，果肉的分離必須在收穫後儘可能快地進行，在12小時之內是最理想的，但是不能超過24小時。若咖啡豆被放置時間過長，果肉就會變得很難與咖啡豆分開了，從而導致不完全分離而可能損壞咖啡豆。

　　與咖啡豆分離的果皮和果肉將用水沖洗掉。沖洗槽設計成具有將輕而嫩的咖啡豆與厚實而成熟的咖啡豆分開的功能。這樣的分離也可以由奧高(Aagaard)分等機來完成。奧高是挪威的一名咖啡種植者，他在肯尼亞種植咖啡期間，設計了一套裝置，通過過濾器把咖啡豆篩選進入一個大的水容器裏，大而飽滿的咖啡豆首先沉入水中，比較輕的咖啡豆則一直待在大容器裏。在這一加工過程中，水可以循環使用。

　　下一步驟是最基本的發酵，也就是利用酵素的作用，分離覆蓋在內果皮上的滑膩膠漿。咖啡豆被貯存在發酵箱內大約12～36小時，所用時間主要是由周圍的溫度、膠漿的厚度和酵素來決定的。當這個過程完成以後，咖啡豆周圍的內果皮不再粘滑了而是有卵石般的手感。

　　在整個溼處理過程中質量控制對防止咖啡豆腐爛至關重要，因爲即使只有一粒咖啡豆爛掉，都有可能損害全部咖啡豆。基於這個原因，所使用的設備必須天天清洗以確保進行下一輪加工之前沒有任何雜質留下。