咖啡主要分爲三大類——阿拉比卡種(Arabica)、羅布斯塔種(Robusta)、利比里亞種(Liberica)，但在市場上流通的多是阿拉比卡和羅布斯塔兩種。不論何種都有其優缺點，使用的目的與用途亦不盡相同。

　　咖啡屬的植物約有40種，但能夠生產出具有商品價值咖啡豆的僅有阿拉比卡種、羅布斯塔種、利比里亞種，這三種稱爲“咖啡三大原生種”。

　　1. 阿拉比卡種(學名Coffea arabica)

　　阿拉比卡種的原產地是埃塞俄比亞的阿比西尼亞高原(即現在的埃塞俄比亞高原)。初期主要作爲藥物食用，13世紀培養出烘焙飲用的習慣，16世紀經由阿拉伯地區傳入歐洲，進而成爲全世界人們共同喜愛的飲料。

　　所有的咖啡中，阿拉比卡種的咖啡佔75%~80%，它的絕佳風味與香氣，使它成爲這些原生種中唯一能夠直接飲用的咖啡。但其對於乾燥、霜害、病蟲害等的抵抗力過低，特別不耐咖啡的天敵——葉鏽病。

　　阿拉比卡種咖啡豆主要產地爲南美洲(阿根廷與巴西部分地區除外)、中美洲、非洲(肯尼亞、埃塞俄比亞等地，主要是東非諸國)、亞洲(包括也門、印度、巴布亞新幾內亞的部分區域)

　　2. 羅布斯塔種(學名Coffea robusta Linden)

　　在非洲剛果發現的耐葉鏽病品種，較阿拉比卡種有更強的抗病力。不適合阿拉比卡種咖啡生長的高溫多溼地帶就是羅布斯塔種咖啡生長的地方。羅布斯塔種具有獨特的香味與苦味，僅僅佔混合咖啡的2%~3%，整杯咖啡就成了羅布斯塔味。它的風味就是如此鮮明強烈，若想直接品嚐它恐怕得考慮一下。它一般被用於速溶咖啡、灌裝咖啡、液體咖啡等工業生產咖啡上。咖啡因的含量3.2%左右，遠高於阿拉比卡種的1.5%。

　　主要生產國是印度尼西亞、越南以及科特迪瓦、阿爾及利亞、安哥拉爲中心的西非諸國，近年來越南更致力於躋身主要咖啡生產國的行列。

　　3. 利比里亞種(學名Coffea liberica)

　　西部非洲爲利比里亞種咖啡的原產地，對於不論是高溫或低溫、潮溼或乾燥等各種環境，皆有很強的適應能力，唯獨不耐葉鏽病，風味又較阿拉比卡種差，故僅在西非部分國家(利比亞、科特迪瓦等)國內交易買賣，或者栽種來供研究使用。

　　在世界市場流通的咖啡中約有65%是阿拉比卡種

　　根據ICO(國際咖啡組織)的統計，扣除各咖啡生產國國內交易的部分，在世界市場流通的咖啡中約65%爲阿拉比卡種，35%爲羅布斯塔種。阿拉比卡種的特徵是顆粒細長且扁平，羅布斯塔種的咖啡豆較渾圓，由形狀即可輕易分辨出。