瑕疵豆的挑選中，最難判斷的是發酵豆與未熟豆。乍看之下，有的是稍微偏黃，或只有很細微的不同，會讓人難以判斷該不該剔除。然而，只要有猶豫，就該不假思索地剔除。總之最重要的就是要用最完美的手選法，製作出美味的咖啡。

手選步驟結束後，接着再用舌頭作最後確認。順序是試驗烘焙、杯測。同時，將那些被挑除的瑕疵豆根據不同的類別烘焙、杯測也是一大重點。“只要混入一顆發酵豆，就會毀了50克的咖啡”這一說法是真是假，可以透過試喝來判斷。

挑選瑕疵豆的速度要快。若是個人興趣還無所謂，但若是咖啡店裏要用的，手選作業會相當耗費人力、時間，也因此很多店都會省略手選或者杯測等步驟。大概的速度是1小時處理20千克咖啡豆爲佳。

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