咖啡水洗法始於18世紀中期。水洗過程首先要將咖啡果實(紅色櫻桃)的果肉去除，接着用發酵槽去除殘留在內果皮上的黏膜，豆子清洗過後加以乾燥。非水洗法與水洗法的不同，在於非水洗法是乾燥之後再去除果肉，而水洗法則是去除果肉後再幹燥。

　　水洗法能通過每個步驟去除雜質(石頭或垃圾等)與瑕疵豆，因此生豆的外觀均一，普遍被認爲具有高品質，交易價格也較自然乾燥法精製的咖啡豆高。

　　但是工程分工越細，作業與衛生管理方面的手續也就越多，風險亦越高，因而水洗式不見得就等於高品質。水洗式咖啡最大的缺點在於，發酵過程中咖啡豆容易沾染上發酵的臭味，有些咖啡行家指出：“一顆有發酵味的咖啡豆會壞了50克的豆子。”豆子會沾上發酵味，絕大多數是因爲發酵槽缺乏管理維護的關係。將內果皮上帶着黏膜的咖啡豆浸泡在發酵槽中一個晚上就能夠去除黏膜。但若是發酵槽中的微生物產生變化，會導致咖啡豆沾上發酵味。

　　另外，咖啡水洗法的設備成本較高，水洗的步驟也相當費工夫，生產成本也就相對提高了。

　　水洗法步驟：

　　1. 選豆：

　　將採收的果實放在裝水的水槽裏，浸泡約24小時。這時成熟的果實會沉下去，而未熟和過熟的果實會浮上來，可加以剔除。

　　2.去除果肉：

　　使用機器將果皮與果肉除去，只剩下包着內果皮的咖啡豆。這時，豆子的外面還有一層黏膜，水洗的過程就是要洗淨這層黏膜。

　　3.發醇：

　　黏膜的附着力很強，並不容易去除，必須放在槽內約18-36小時，使其發醇，並分解黏膜。發酵的方法有兩種，即溼行發醇與乾式發醇，顧名思義，前者加水，後者不加水。發醇的過程中，種子和內部的果肉會產生特殊的變化，這是水洗法之中最影響咖啡風味的一個步驟。有些農場會添加熱水或醇素，以加快發醇的速度，這對咖啡豆質量會有負面的影響，並不受精選咖啡愛好者歡迎。

　　4.水洗：

　　使用水洗法的農場一定要建造水洗池，並能夠引進源源不絕的活水。處理時，是將完成發醇的豆子放入池內，來回推移，利用豆子的摩擦與流水的力量將咖啡豆洗到光滑潔淨。

　　5.乾燥:

　　經過水洗之後，這時，咖啡豆還包在內果皮裏，含水率達50%，必須加以乾燥，使含水率降到12%，否則他們將繼續發醇，變黴腐敗。較好的處理方法是使用陽光乾燥，雖然得費時1個-3個星期，不過，風味特佳，相當受到喜愛。另外，有些地方使用機器乾燥，大量縮短處理時間，使得風味不如陽光乾燥的咖啡。

　　6.脫殼：

　　完成乾燥的豆子便可以放在倉庫裏儲存，或者交給工廠進行脫殼，除去內果皮與銀膜。

　　7.挑選與分級：

　　與日曬發一樣，水洗咖啡都也有挑尋和分級的過程，用來剔除瑕疵豆，並確保較佳的質量，再交給出口商賣到世界各地。