咖啡屬於茜草科咖啡屬的常綠灌木，以熱帶地區爲中心，約有500屬6000種茜草科植物分佈於此。一直以來咖啡被認爲具有某些藥效，如健胃，醒腦，止血，散熱，強身等。比較有名的茜草科植物還有梔子，它的果實很早以前就被曬乾拿來作爲藥材。
咖啡的三大原生種
咖啡屬的植物約有40種，但能夠生產出具有商品價值咖啡豆的僅有阿拉比卡種，羅布斯塔種，利比里亞種，這三種稱爲“咖啡三大原生種”。
1.阿拉比卡種（學名Coffea arabica）
阿拉比卡種的原產地是埃塞俄比亞的阿比西尼亞高原（即現在的埃塞俄比亞高原），初期主要作爲藥物食用（伊斯蘭教的情侶們用來當作治療身心的祕藥或者用來醒腦），13世紀培養出烘焙飲用的習慣，16世紀經由阿拉伯地區傳入歐洲，進而成爲全世界人們共同喜愛的飲料。
所有的咖啡中，阿拉比卡種的咖啡佔75%-80%，它的絕佳風味與香氣，使它成爲這些原生種中唯一能夠直接飲用的咖啡。但其對乾燥，霜害，病蟲害等的抵抗力較低，特別不耐咖啡的天敵——葉鏽病，因而各生產國都在致力於品種改良。斯里蘭卡就是一個例子。過去斯里蘭卡曾是遠近聞名的咖啡生產國，19世紀末卻因爲葉鏽病的肆虐，咖啡莊園無一倖免。此後，斯里蘭卡轉而發展紅茶產業，並與印度同列紅茶王國。
阿拉比卡種咖啡豆主要產地爲南美洲（阿根廷與巴西部分區域除外），中美洲、非洲（肯尼亞，埃塞俄比亞等地，主要是東非諸國）、亞洲（包括也門、印度、巴布亞新幾內亞的部分區域）。
2.羅布斯塔種（學名Coffea robusta Linden）
在非洲剛果發現的耐葉鏽病品種，教阿拉比卡種有更強的抗病力。人們都喜歡將羅布斯塔種與阿拉比卡種咖啡相提並論，事實上羅布斯塔種原是剛果種（學名Cofffea canephora）的突變品種，所以說，該拿來與阿拉比卡種相提並論的是剛果種。然而直至今日，羅布斯塔種的名稱已爲大衆慣用，而把它與剛果種視爲同一種類。
阿拉比卡種咖啡豆生長在熱帶較冷的高海拔地區，不適合阿拉比卡種咖啡生長的高溫多溼地帶就是羅布斯塔種咖啡生長的地方。羅布斯塔種具有獨特的香味（稱爲“羅布味”的異味，有些人認爲是黴臭味）與苦味，僅僅佔混合咖啡的2%-3%，整杯咖啡就成了羅布斯塔味。它的風味就是如此鮮明強烈，若想直接品嚐它恐怕得考慮一下。它一般被用於速溶咖啡（其萃取出的咖啡液大約是阿拉比卡種的2倍）、灌裝咖啡、液體咖啡等工業生產咖啡上。咖啡因的含量3.2%左右，遠高於阿拉比卡種的1.5%。
羅布斯塔種的主要生產國是印度尼西亞、越南以及科特迪瓦、阿爾及利亞、安哥拉爲中心的西非諸國，近年來越南更致力於躋身主要咖啡生產國的行列，並將咖啡生產列入國家政策中（越南也生產部分阿拉比卡種咖啡）。
3.利比里亞種（學名Coffea liberica）
西部非洲爲利比里亞種咖啡的原產地，對於不論是高溫或低溫、潮溼或乾燥等各種環境，皆有很強的適應能力，唯獨不耐葉鏽病，風味又較阿拉比卡種差，故僅在西非部分國家（利比亞、科特迪瓦等）國內交易買賣，或者栽種來供研究使用。
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