咖啡樹的種類有500多種，品種有6000個，其中多數都是熱帶樹木和灌木。世界上主要的咖啡樹有四種，真正具有商業價值而且被大量栽種的只有兩種，所產的咖啡豆品質亦冠於其它咖啡樹所產的咖啡豆。
第一種是阿拉比卡豆，豆產量佔全世界產量的70%，世界著名的藍山咖啡、摩卡咖啡等，幾乎全是阿拉比卡種。另一種是羅巴斯塔種，羅巴斯塔咖啡樹原產地在非洲的剛果，其產量約佔全世界產量的20%~30%。不同品種的咖啡豆有不同的味道，但即使是相同品種的咖啡樹，由於不同土壤、不同氣候等影響，生長出的咖啡豆也各具有獨特的風味。另外兩種爲：利比里亞種和埃塞爾薩種。
阿拉比卡種
豆形較小，正面呈長橢圓形，中間裂紋窄而曲折，豆子背面的圓弧形較平整。
阿拉比卡種咖啡多產於南美的巴西、哥倫比亞，中美洲諸國，加勒比海的哥斯達尼加，危地馬拉、牙買加、墨西哥以及埃塞俄比亞等國。阿拉比卡咖啡豆顆粒較大，大小一致，顏色均勻有光澤。一般爲大家所熟悉的咖啡豆如巴西山多士、蘇門答臘曼特寧、葉門摩卡、牙買加藍山等，都是屬於阿拉比卡種的優質咖啡豆。
阿拉比卡種咖啡比較難栽種，它們喜歡溫和的白日和較冷的夜晚，太冷、太熱、太潮溼的氣候都會對它有致命的打擊。阿拉比卡種咖啡樹需要種在高海拔的傾斜坡地上，在高地（600~1800米）栽培的生長得比較茂盛，而且需要特別的氣候條件——全年的平均溫度在20攝氏度左右，有充沛的降雨量，而又不會降霜的地區。全世界只有50多個國家有這樣的條件，大約都是在赤道南北160公里左右的區域。它的採收一定要人工爬上爬下地進行，難度較大。但由於阿拉比卡種的咖啡豆香味特佳，味道均衡，而且咖啡因含量較小，因此實際栽種量約佔咖啡總栽種量的70%。
阿拉比卡種的咖啡因的含量比較低，僅是羅巴斯塔種含量的一半左右，所以其價格比較高。
羅巴斯塔種
豆形較大，正面漸趨圓形，背面呈圓凸形，裂紋直。
羅巴斯塔咖啡樹原產地在非洲中西部及東部的馬達加斯加島，亞洲的印度尼西亞，其產量約佔全世界產量的20%~30%。羅巴斯塔咖啡樹適合種植於海拔500米以下的低地，對環境的適應性極強，能夠抵抗惡劣的氣候，抗拒病蟲侵害，在整地、除草、剪枝時也不需要太多的人工照顧，可以任其在野外生長，是一種容易栽培的咖啡樹。但是其成品味道比阿拉比卡種顯得苦澀，咖啡因的含量也比較高，品質上也遜色很多，所以大多用來製造即溶（速溶）咖啡。由於主要產地在非洲，所以大部分非洲人都喝羅巴斯塔咖啡。
利比里亞種
利比里亞種即大粒種，原產於非洲利比里亞，以及馬來西亞等少數幾個國家。它栽培歷史比其它兩種咖啡樹稍短，利比里亞咖啡樹適合種植於低地，它的樹幹又高又壯，有18米高，樹葉大而堅韌，果實和咖啡豆也很大。它的種皮緊貼種仁，成熟時爲硃紅色。引用風味濃烈，咖啡鹼含量中等，刺激性強，品質較差。由於它的味道比較獨特，需求量低，栽培面值較小，所以生產量也少，不到全世界咖啡產量的5%。
埃塞爾薩種
埃塞爾薩種是1904年才發現的一個品種原產於非洲的查理河流域，果小，單株產量高，尤其是一種抗旱品種。產品味香濃烈，稍帶苦味，栽培較少。
