咖啡收成果實後到出貨上市前要先去除外皮、果肉、賽果皮及銀皮。其方法有乾燥式(也稱天然法或非水洗式)與水洗式兩種。 乾燥式： 方法較爲單純。首先將剛採下的果實廣佈在曬場上一兩個星期，直到果實發出霹啪的聲音爲止，自然乾燥之。之後，以脫殼機將幹掉了的果肉、內果皮和銀皮去除。 以這種方式精製而成的咖啡豆，呈微酸而略有苦味。幾乎所有巴西產的咖啡豆、埃塞俄比亞、也門等地之咖啡豆都豆以這種方法取得的。這種方法的缺點是容易受天氣的影響，以及易摻入瑕疵豆和其它雜質。因此，必須細心地加以篩選才行。 水洗式： 即將收成的果實放入流動的水槽，除去浮在水面的果實之後，以果肉去除機剝除外皮和果肉。再放入水槽，將浮出的果肉去除。之後，移入發酵槽，浸泡半天至一天，再將發酵的咖啡豆表面上的膠質溶掉。 再以水洗過後，曬乾數日後以機器乾燥之，最後用脫殼機將內果皮去除，即成爲可作爲商品的生咖啡豆。用這種方式，會比干燥式的咖啡豆色澤較美，且雜質也較少。哥倫比亞、墨西哥、危地馬拉等國70%左右的產量都採用此方法。

怎麼辨別咖啡豆的好壞?

　　發酵豆 採收前掉落土中發酵的咖啡豆。發黴的異味，會對咖啡美味造成莫大的影響。

　　死豆 又稱未熟豆，或受氣侯因赤的影響，發育不健全。煎焙後會產生煎斑，使咖啡有股青澀味。

　　黑豆 發酵豆，已腐敗、變黑的咖啡豆。因爲是黑色，一眼即可與正常的咖啡豆區分出來。

　　蛀蟲豆 受蟲侵害的咖啡豆。 殘缺豆 可能是作業時卡到，或是搬運中處理不慎，造成咖啡豆的殘缺。會造成煎焙時有煎斑，且會產生苦味及澀味。

　　其它 殘留薄皮的豆、發育不良的豆、乾燥不完全產生黴味的豆、只有外殼的(貝殼豆