咖啡屬類的兩個主要品種是阿拉比卡咖啡（Coffea arabica）和羅伯斯塔咖啡（Coffea robustra），羅伯斯塔咖啡也稱作“粗壯咖啡”。1753年林內烏斯確定了阿拉比卡咖啡（Coffea arabica）在分類學上的位置，它結出的阿拉比卡咖啡豆，在全世界稱得上是優質咖啡，也是唯一可以不加任何配料便可以飲用的咖啡。阿拉比卡咖啡有時被說是巴西咖啡（來自巴西）或綜合類咖啡（來自其他各地）。卡尼福拉咖啡（Coffea canephora），更精確地說是羅伯斯塔卡尼福拉咖啡（C.canephora ，var.robusta），能結羅伯斯塔咖啡豆，常被用來作爲阿拉比卡咖啡豆的補充。咖啡屬類的兩個次要品種是利伯瑞卡咖啡（C.liberica）和埃克賽爾沙咖啡（C.excelsa），它們分別結利伯瑞卡咖啡豆和埃克賽爾沙咖啡豆。 

阿拉比卡咖啡的兩個最好的品種是蒂皮卡咖啡（Typica）和波旁咖啡（Bourbon）。但是其他許多品種也已得到長足發展，其中包括卡圖拉咖啡（Caturra，生長在巴西和哥倫比亞）、蒙杜咖啡（Mundo，產自巴西）、梯高咖啡（Tico，在中美洲廣泛種植）、聖拉蒙咖啡（San Ramon，一種矮小的植物）和大名鼎鼎的牙買加藍山咖啡（Jamaican Blue Mountain）。阿拉比卡咖啡樹通常是較大的灌木，葉子爲綠色、橢圓形，果實也是橢圓形的，一般有兩顆較扁平的種子，如果只有一顆豆籽發芽，就叫豌豆形咖啡豆（peaberry）。

實際上，“羅伯斯塔（robustra）”這個詞來源於種植最廣泛的各種卡尼福拉咖啡。“羅伯斯塔”是一種很茁壯的灌木或小樹，有10米多高，但其樹根卻很淺。它的果實是圓形的，成熟期長達11個月，種子是橢圓形的，比阿拉比卡咖啡豆小。在非洲中西部、整個東南亞以及巴西的一個較科尼倫（Conion）的地區都種植羅伯斯塔咖啡。

利伯瑞卡（Liberica）咖啡樹又高又壯，有18米高，樹葉大而堅韌，果實和咖啡豆也很大。馬來西亞（Malaysia）和西非都種植利伯瑞卡咖啡，由於它的味道比較獨特，需求量低，因此生產量也少。

目前，阿拉比卡咖啡的產量大約佔世界咖啡總產量的70％，但是羅伯斯塔咖啡所佔的比重正在增加，主要是因爲羅伯斯塔咖啡樹的果實質量比較好，而且，它比阿拉比卡咖啡樹更不易於患病蟲害