小粒種咖啡阿拉比卡種（Coffea arabica）系列中三個出現較早的亞種是∶藍山亞種（varietal Blue Mountain），鐵畢卡亞種（varietal Typica）以及波邦亞種（varietal Bourbon）。牙買加藍山是公認世界上最好的咖啡。鐵畢卡咖啡原產於埃塞俄比亞及蘇丹的東南部，是西半球栽培最廣的咖啡變種，在夏威夷產量較高；夏威夷可那，是和藍山咖啡不相上下的，在價格上也只有1~3美金的差距。波邦亞種是十八世紀由法國移民從波邦島（Island of Bourbon，今天的法屬留尼旺島 Island of Reunion 位於馬達加斯加島東邊的印度洋中）傳入美洲，如今在巴西等西半球產地廣泛種植，在中國雲南有少量種植。波邦亞種的咖啡因含量比鐵畢卡亞種高20%~30%，但是要少於絕大多數咖啡亞種。主枝最初和主幹呈45度向上生長，隨果實負荷下垂，側枝節部較密，結果多，產量較高。但漿果較小，成熟較快，因此不耐強風及大雨。波邦咖啡是小粒咖啡中僅次於鐵畢卡的變種，結果多，產量較高，但漿果較小，成熟較慢；

中國雲南種植的小粒咖啡主要是鐵畢卡亞種和波邦亞種，從咖啡的植物學角度來講，雲南小粒咖啡和公認最優秀的牙買加藍山(Jamaica Blue Mountain)、夏威夷可那(Kona)有基因上的相近性原來世界上的商品咖啡都是小粒咖啡，只是到了19世紀末，發生了一次大面積的病害，種植者纔開始尋找其他抗病的品種，目前小粒咖啡仍然是最主要的咖啡品種，約佔世界咖啡總產量的3/4。主要在拉丁美洲各國種植，也有部分在印度尼西亞和 太平洋 島嶼種植。目前世界最大的咖啡產地巴西的地理氣候條件非常適合小果咖啡的生長，種植的主要咖啡品種也是小粒咖啡，巴西的咖啡產量佔世界總產量的1/3以上。

小粒咖啡的果實比中粒咖啡和大粒咖啡要小，漿果橢圓型，一般內有兩粒種子，即所謂的“咖啡豆科屬：茜草科咖啡屬

咖啡樹主要可分爲兩大品種：阿拉比卡種（coffea arabica）與羅布斯塔種（coffea robusta/coffea canephora）（市場上不多見）。

阿拉比卡(Coffea arabica)種，是最傳統的阿拉伯咖啡品種。原產於東非，在西元15世紀以前， 咖啡 長期被阿拉伯世界所壟斷，因此被歐洲人稱爲“阿拉伯咖啡”