1980年間的內戰，導致政府軍，游擊隊都對咖啡產業造成打擊，還有天災

　　，以及1986-1987間的國際生豆價格狂跌，都對咖啡產業造成不利的影響，事實上在80年之前，咖啡賺取的外匯還輔助該國成衣產業，也促成輕工業部呢!

　　而政府掌控的行銷與出口，更是不利整個產業!在Incaf’e成立的第一年，咖啡產量從79年的175000噸，滑落到86年的141000噸，當然直接原因是生產者不願再投資;Incaf’e不僅對出口的生豆收取出口售價的50%而且還常常延遲付款!天災與人禍促成了有機栽種的良機，當然生產者也意識到好咖啡，纔有好價錢，在實質與環保兼顧下、薩國咖啡又有個好的開始19世紀，薩爾瓦多的咖啡就是重要的經濟作物，政府立法來徵收稅賦並且鼓勵栽種出口;薩國的咖啡農雖然無法得到技術或財務的協助，但在每公頃單位生產量的成長上，於衆多咖啡生產國中算是相當優異!咖啡的產值就像火車頭一樣，對薩國基礎交通建設，輕工業的發展，乃至機械化的進步，貢獻良多!

　　薩國國土有10%的森林覆蓋，其中超過80%是天然遮蔭林地，極適合咖啡樹的栽種，這種遮蔭栽種的咖啡(shade grown coffee)對中美洲生態走廊非常重要(Central American Biological Corridor)。但在1970年，產生嚴重的咖啡葉鏽斑病(coffee leaf rust disease )爲了讓咖啡樹得到陽光的曝曬，很多遮蔭樹被砍伐掉!這造成很大的環境破壞!但內戰也形成一個對環境的轉機!薩爾瓦多也是昔日馬雅帝國的一部分，境內仍然保留着三百多座馬雅的遺蹟可供探訪，尤以聖安得列斯(San Andres)的古蹟保存良好。

　　【有機栽植】：

　　1980年代的內戰造成很多位於戰區的咖啡農不願花費農業肥料等在咖啡園上，形成了「有機栽種」的事實。戰後，持有機栽種的咖啡園更在政府的協助下成立有機栽種組織，不少取得雨林聯盟(Rain forest-Alliance)的Eco-ok認證。目前有2000公頃的咖啡園取得有機認證，另外還有2000公頃的咖啡園正在取得認證中(有機認證由申請到取得共需三年的時間)