灌腸的操作非常講究，過燙或過冷的灌腸液都會讓腸道感到不適，若過燙還會導致直腸燙傷；如果家裏的器械消毒不徹底，可能會引起感染；灌腸操作也會破壞腸道菌羣的平衡，導致難治的腸道細菌感染；腸道壓力的突然增大還可能導致腸道穿孔、破裂，引起腹膜炎，嚴重的會導致死亡。而且，反覆灌腸會刺激腸道，久而久之會造成腸道對這種刺激的依賴，喪失腸蠕動功能，可能會導致更嚴重的便祕發生。而對於身體虛弱的人來說，灌腸後急速排便會引起貧血，對於痔瘡出血者來說灌腸會惡化病情。不管是哪種情況下灌腸，一旦操作不當，就會有腸穿孔的危險灌腸並不是每個人都適用，健康人羣完全沒有必要灌腸。需要提醒的是，灌腸的確能幫助排泄，但灌腸屬於醫療行爲，也有很明顯的副作用。醫學上從來沒有聽說過用咖啡代替正規藥物來灌腸的。因爲，灌入腸腔的液體在排出時還會帶走大量腸液，從而導致脫水或電解質紊亂，而不恰當濃度的灌腸液會加重紊亂接着就是灌腸排毒“水療”了，用輸液袋和輸液器，像打吊針一樣，把輸液袋掛在高處，人躺下後，自己將輸液管插入肛門10至15釐米深，打開輸液閥，保持側臥不動，約20分鐘，輸液袋內的咖啡就會全部滴入體內。據稱是“利用咖啡的酸性刺激腸壁,促進大腸蠕動,殺死直腸中的壞菌,排出宿便解毒咖啡是用來喝的，但它在一些人眼中卻另有“功效”———灌腸。《養生週刊》記者在調查中發現，這一據說可以幫人清腸排宿便的方法在網上異常火熱———用10克有機咖啡豆，加300毫升純淨水，在咖啡壺裏煮好後，再加700毫升水，調節至體溫相同溫度後，這灌腸液就做好了