原生種
在所有咖啡的產量中，阿拉比卡種咖啡佔據了70%-80%，它絕佳的風味和香氣使其成爲所有咖啡原生種中唯
阿拉比卡豆
阿拉比卡豆 (8張)
一能夠直接飲用的咖啡。但是它對於乾燥、霜害、病蟲害等的抵抗力過低，特別不耐咖啡的天敵--葉鏽病，因而各產地國都在致力於品種的改良。
原來世界上的商品咖啡都是小粒咖啡，只是到了19世紀末因爲葉鏽病的肆虐導致大量咖啡莊園的倒閉，種植者纔開始尋找其他抗病的品種。
小粒咖啡仍然是最主要的咖啡品種，約佔世界咖啡總產量的3/4。主要在拉丁美洲各國種植，也有部分在印度尼西亞和太平洋島嶼種植。世界最大的咖啡產地巴西的地理氣候條件非常適合小粒咖啡的生長，種植的主要咖啡品種也是小粒咖啡，巴西的咖啡產量佔世界總產量的1/3以上。
小粒咖啡的果實比中粒咖啡和大粒咖啡要小，漿果橢圓型，一般內有兩粒種子，即所謂的“咖啡豆”。
亞種
小粒種咖啡阿拉比卡種（Coffea arabica）系列中三個出現較早的亞種是：藍山亞種（varietal Blue
咖啡花
咖啡花
Mountain），鐵比卡亞種（varietal Typica）以及波旁種（varietal Bourbon）。
牙買加藍山是品質極佳的咖啡；鐵畢卡咖啡原產於埃塞俄比亞及蘇丹的東南部，是西半球栽培最廣的咖啡變種；在夏威夷產量較高的夏威夷可那（Kona）和藍山咖啡在質量上不相上下，在價格上也只有1~3美金的差距。
波旁種是十八世紀由法國移民從波邦島（Island of Bourbon，今天的法屬留尼旺島Island of Reunion，位於馬達加斯加島東邊的印度洋中）傳入美洲，如今在巴西等西半球產地廣泛種植，在中國雲南也有少量種植。波邦亞種的咖啡因含量比鐵畢卡亞種高20%~30%，但是要少於絕大多數咖啡亞種。主枝最初和主幹呈45度向上生長，隨果實負荷下垂。側枝節部較密、結
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果多、產量較高，但漿果較小，成熟較快，因此不耐強風及大雨。波邦咖啡是小粒咖啡中僅次於鐵畢卡的變種，結果多，產量較高，但漿果較小，成熟較慢。中國雲南種植的小粒咖啡主要是鐵畢卡亞種和波邦亞種，從咖啡的植物學角度來講，雲南小粒咖啡和公認最優秀的牙買加藍山(Jamaica Blue Mountain)、夏威夷可那(Kona)有基因上的相近性
