印尼咖啡的繁榮的未能持續，18世紀末咖啡生產受到致命打擊，最初發現於西爪哇的葉鏽病迅速蔓延，摧毀了印尼的阿拉比卡咖啡莊園。咖啡貿易的首領地位被美洲產國取代。不過，值得一提到是，這場葉鏽病災難並沒有禍及東部印尼產區，即弗洛勒斯島和帝汶，現今，帝汶的某些咖啡樹，其基因可以追溯到16、17世紀1711年印尼咖啡就開始供應歐洲市場，彼時，印尼是非洲及阿拉伯之外，第一個大規模種植咖啡的國家。18世紀80年代成爲當時世界最大咖啡出口地。Java咖啡的聲名始於此咖啡簡史1696年，當時荷蘭駐印度Malabar的總督將一批咖啡苗送給荷蘭駐巴達維亞batavia（今雅加達Jarkata）的總督，這是印尼首次種植咖啡。不過，這第一批咖啡苗被洪水沖毀。1699年，巴達維亞再次接受饋贈，這一次，咖啡苗順利成活下來，並在1701年迎來第一次收穫，開啓了印尼的咖啡之旅。最初，咖啡種植於雅加達及附近區域，後來，種植區域逐漸擴大到爪哇中部及東部，蘇拉威西島、蘇門答臘島、巴厘島也開始種植。與此同時，在印尼東部，當時隸屬葡萄牙領地的弗洛勒斯島Flores及帝汶島Timor也有咖啡種植，只是咖啡苗的源頭不同咖啡主產區爪哇島，最古老的產區，爪哇咖啡的盛名從18世紀印尼咖啡輝煌時代延續至今，提到爪哇咖啡，仍能令人聯想到優質美味，當時最著名的拼配就是以爪哇咖啡搭配也門摩卡。此外，爪哇產區還有極富盛名的陳年咖啡(Aged coffee)，或者稱作季風咖啡(Monsooned coffee)咖啡品種最初，印尼咖啡爲阿拉比卡種，18世紀末的葉鏽病災難摧毀了阿拉比卡莊園，最初，荷蘭人嘗試種植利比里亞種，後來，開始大規模種植羅布斯塔種。現在，印尼生產的咖啡中，阿拉比卡種約佔10-15%，其餘爲羅布斯塔，利比裏卡種雖有產出，但是基本不在咖啡貿易之列。

 

咖啡收穫印尼產區通常有兩個收穫季，主收穫季（main crop）大約出現在9-10月，次收穫季（fly crop）在5-6月。阿拉比卡會採用手工採摘，手工採摘的工人享受最低工資保障，在此基礎上有績效工資