15世紀，葡萄牙、西班牙和英國先後侵入。1596年荷蘭侵入，1602年成立具有政府職權的“東印度公司”，1799年底改設殖民政府。

1942年日本佔領印尼，1945年日本投降後，印尼爆發八月革命，1945年8月17日宣佈獨立，成立印度尼西亞共和國。

印度尼西亞獨立後，先後武裝抵抗英國、荷蘭的入侵，發動了三次獨立戰爭。1947年後，荷蘭與印尼經過多次戰爭和協商，於1949年11月簽訂印荷《圓桌會議協定》。根據此協定，印尼於同年12月27日成立聯邦共和國，參加荷印聯邦。

1950年8月印尼聯邦議院通過臨時憲法，正式宣佈成立印度尼西亞共和國，同一年印尼成爲聯合國第60個成員國。1954年8月脫離荷印聯邦。

1967年，印尼與馬來西亞、菲律賓、新加坡和泰國成立了 “東南亞國家聯盟”（ASEAN，簡稱“東盟”），東盟已經擁有10個成員國，印尼是最具影響力的成員之一。[6] 

1997年亞洲金融危機對印尼造成全面衝擊，引起局勢動盪。

1998年5月，執政長達32年的蘇哈托總統辭職，副總統哈比比接任總統。1999年10月，印尼人民協商會議（簡稱人協）選舉瓦希德爲總統，梅加瓦蒂爲副總統。2001年7月23日，人協特別會議以瀆職罪罷免瓦希德總統職務，梅加瓦蒂接任總統，哈姆扎·哈茲任副總統。

2004年7月，印尼舉行歷史上首次總統直選，原政治安全統籌部長蘇西洛和人民福利統籌部長尤素夫·卡拉（Muhammad Jusuf Kalla）通過兩輪直選勝出，2004年10月20日宣誓就任總統和副總統。

2005年8月，印尼政府與“亞齊獨立運動”分離組織達成和平協議。2006年7月，印尼國會通過亞齊管理法。2006年12月，亞齊舉行地方選舉，前“亞獨運動”領導人伊爾萬迪·尤素夫（Irwandi Yusuf）和穆罕默德·納扎爾（Muhammad Nazar）當選省長和副省長。2012年4月，前“亞齊獨立軍”領導人宰尼·阿卜杜拉（Zaini Abdullah）和穆扎基爾·馬納夫（Muzakir Manaf）當選省長和副省長，任期至2017年
爪哇咖啡豆早年的爪哇咖啡盛名遠播，這裏指的是以前爪哇島出產的阿拉比卡咖啡。它有一種濃郁的芳香，酸度較低，口感潤滑，與摩卡咖啡拼配在一起，所造就的“爪哇摩卡綜合咖啡”曾經風靡一時，成爲頂級咖啡的代名詞，聲名遠播。

　　那時，銷往歐洲的爪哇咖啡是一種非常特別的咖啡。由於當時是以帆船運抵歐美諸國的，路途遙遠再加上航速慢，所以在運送路途上要耗費大量時間。咖啡在這樣的情況下，好似經過了一種特殊的發酵，味道非常獨特。

　　後來當輪船取代帆船後，由於運送時間縮短，人們喝到的是比較新鮮的咖啡豆。但喝慣了陳豆的人們不習慣這種新鮮口味，所以拼命追求陳年爪哇咖啡，以至於印尼政府和一些商人故意把新鮮豆在倉庫裏存放一到兩年，再賣給消費者。事實上，與新鮮豆相比，陳年爪哇豆酸度降低到接近於零，而香味卻更加濃郁。因爲儲藏的時間較長，成本增加不少，數量有限，所以陳年爪哇一直是咖啡市場上的搶手貨。19世紀80年代，有0商故意在一些新鮮的危地馬拉或委內瑞拉豆上做手腳，仿製陳年爪哇高價出售。不可容忍的是，0商們以染色的方式來讓咖啡豆看起來更像陳年爪哇，但毫無疑問，染色的化學物質當然是有毒的。

　　爪哇只生產少量的阿拉比卡豆，而大部分是鏽蝕病災難後從非洲引進的羅姆斯達豆。這種咖啡烘焙後苦味強烈但香味極其清淡，雖然酸度較低，口感也比較細膩，但很少被用來直接飲用，常被用來拼配綜合咖啡，或用於製造速溶咖啡