約在150萬至3.5萬年前生活於印度尼西亞羣島，稱之爲爪哇猿人。智人約於4.5萬年前進入該地區。

公元3－7世紀建立了一些分散的封建王國。有記載的的朝代包括信奉佛教的室利佛逝（7世紀中葉~1293年）[4]  ，後被麻喏巴歇征服；控制馬六甲海峽的新柯沙裏王國（1222~1292年）[5]  ，引發了元爪戰爭，之後王室藉助元朝軍隊在爪哇建立了印尼歷史上最強大的麻喏巴歇封建帝國（1293~1478年）。

15世紀，葡萄牙、西班牙和英國先後侵入。1596年荷蘭侵入，1602年成立具有政府職權的“東印度公司”，1799年底改設殖民政府。

1942年日本佔領印尼，1945年日本投降後，印尼爆發八月革命，1945年8月17日宣佈獨立，成立印度尼西亞共和國。

印度尼西亞獨立後，先後武裝抵抗英國、荷蘭的入侵，發動了三次獨立戰爭。1947年後，荷蘭與印尼經過多次戰爭和協商，於1949年11月簽訂印荷《圓桌會議協定》。根據此協定，印尼於同年12月27日成立聯邦共和國，參加荷印聯邦。

1950年8月印尼聯邦議院通過臨時憲法，正式宣佈成立印度尼西亞共和國，同一年印尼成爲聯合國第60個成員國。1954年8月脫離荷印聯邦。

1967年，印尼與馬來西亞、菲律賓、新加坡和泰國成立了 “東南亞國家聯盟”（ASEAN，簡稱“東盟”），東盟已經擁有10個成員國，印尼是最具影響力的成員之一。[6] 

1997年亞洲金融危機對印尼造成全面衝擊，引起局勢動盪。

1998年5月，執政長達32年的蘇哈托總統辭職，副總統哈比比接任總統。1999年10月，印尼人民協商會議（簡稱人協）選舉瓦希德爲總統，梅加瓦蒂爲副總統。2001年7月23日，人協特別會議以瀆職罪罷免瓦希德總統職務，梅加瓦蒂接任總統，哈姆扎·哈茲任副總統。

2004年7月，印尼舉行歷史上首次總統直選，原政治安全統籌部長蘇西洛和人民福利統籌部長尤素夫·卡拉（Muhammad Jusuf Kalla）通過兩輪直選勝出，2004年10月20日宣誓就任總統和副總統。

2005年8月，印尼政府與“亞齊獨立運動”分離組織達成和平協議。2006年7月，印尼國會通過亞齊管理法。2006年12月，亞齊舉行地方選舉，前“亞獨運動”領導人伊爾萬迪·尤素夫（Irwandi Yusuf）和穆罕默德·納扎爾（Muhammad Nazar）當選省長和副省長。2012年4月，前“亞齊獨立軍”領導人宰尼·阿卜杜拉（Zaini Abdullah）和穆扎基爾·馬納夫（Muzakir Manaf）當選省長和副省長，任期至2017年貓屎咖啡，是由印尼椰子貓（一種麝香貓）的糞便作爲原料所生產，故叫“貓屎咖啡”。該種動物主要以咖啡豆爲食，在椰子貓胃裏完成發酵後，破壞蛋白質，產生短肽和更多的自由氨基酸，咖啡的苦澀味會降低，再排出來的糞便便是主要原料，由於咖啡豆不能被消化，會被排泄出來，經過清洗、烘培後就成了貓屎咖啡。咖啡評論家克里斯魯賓說，“酒香是如此的豐富與強烈，咖啡又是令人難以置信的濃郁，幾乎像是糖漿一樣。它的厚度和巧克力的口感，並長時間地在舌頭上徘徊，純淨的回味。”

椰子貓屬於雜食性動物，除了食用種子爲生，也喫昆蟲及蛇類、鳥類、兩棲爬行類，因此真正野生的椰子貓排放出來的糞便，會混雜着各種物質。印尼當地有農民等捕捉椰子貓來飼養，餵食咖啡豆來造。但人工培育與天然的畢竟還是有一定區別在咖啡工業界，貓屎咖啡被廣泛認爲是一種以新奇爲賣點的產品。美國特種咖啡協會（Specialty Coffee Association of America，SCAA）表示“業界的共識是它嚐起來很差”。SCAA引用一位咖啡專家的評論說：“顯然，貓屎咖啡的賣點在於它的故事而不是它的質量。採用SCAA的標準，貓屎咖啡的評分比其他三種咖啡的最低分還要低兩分。可以推測貓屎咖啡的處理過程淡化了優質的酸度和口味而使口感更加平淡。當然很多人似乎也將這種平淡口味看作是這種咖啡的優點。”

華盛頓郵報的食品專欄作者Tim Carman曾評論了在美國銷售的貓屎咖啡，並作出結論說“它嚐起來就跟Folger牌咖啡一樣。像是爛掉的、沒有生命的味道。像是在洗澡水裏泡了石化的恐龍屎。我沒法喝完它