1501年，西班牙人R.de巴斯蒂達斯首先到達哥倫比亞北部海岸，1525年建立了聖瑪爾塔城。1533年，P.de埃雷迪亞又建立了卡塔赫納。1535年，G.希門尼斯·德·克薩達率西班牙殖民軍進入哥倫比亞內地，征服了奇布查人，建立波哥大城，從此哥倫比亞淪爲西班牙殖民地。初

屬祕魯總督管轄，1718年西班牙王室在波哥大設置新格拉納達總督後，由該總督直接統治。在西班牙殖民統治下，印第安人受到殘酷剝削，土生白人也遭受種種壓榨。印第安人不斷髮動起義，土生白人也於1781年舉行過起義（見新格拉納達市民起義）1815年，玻利瓦爾在《牙買加來信》中設想，當南美洲從西班牙殖民統治下獲得解放後，新格拉納達和委內瑞拉應組成一個國家，取名“哥倫比亞”。1819年 8月，玻利瓦爾率領的愛國軍在波亞卡戰役中擊敗西班牙西班牙殖民軍，解放了波哥大。於是，新格拉納達和委內瑞拉的大部分地區已獲解放。玻利瓦爾在徵得新格拉納達愛國軍民的同意後，於同年12月在安戈斯圖拉召開的委內瑞拉國會中建議委內瑞拉同新格拉納達聯合組成一個統一國家。12月17日國會通過決議，正式成立聯合這兩個地區

的哥倫比亞共和國。1821年 5月，哥倫比亞國在臨時首都庫庫塔召開制憲會議，8月20日，會議通過並頒佈了哥倫比亞國家第一部憲法。憲法規定實行中央集權制共和政體，還通過一系列法令，宣佈廢除奴隸制，解放奴隸及其子女，禁止買賣奴隸；規定公民享有平等權利，有言論、出版自由。會議選舉玻利瓦爾爲共和國第一任總統，桑坦德爾爲副總統。1822年5月，玻利瓦爾派蘇克雷將軍率軍隊解放了基多，隨後厄瓜多爾宣佈加入哥倫比亞共和國

哥倫比亞種植咖啡的歷史，可以追溯到十六世紀的西班牙殖民時代，咖啡在哥倫比亞的歷史也有很多說法：

其一：據說是從加勒比海的海地島，經中美洲的薩爾瓦多從水路傳來的。

其二：1808年,一名牧師從法屬安的列斯經委內瑞拉將咖啡豆首次引入哥倫比亞。其中一種是哥倫比亞的第一批咖啡種子是通過聖坦德省由委內瑞拉入境的。[1] 

其三：關於哥倫比亞咖啡種植的最早記錄出現於西班牙傳教士Jose Gumilla的名爲“The Illustrated Orinoca”的書中。他描寫了他於1730年在Meta河兩岸傳教時的見聞，其中提到了當地的咖啡種植園。到了1787年的時候，其他的傳教士已經把咖啡傳播到了哥倫比亞境內的其他地方哥倫比亞咖啡的品種主要爲小粒咖啡。植物爲小喬木或大灌木，高5-8米，基部通常多分枝；老枝灰白色，節膨大，幼枝無毛，壓扁形。葉薄革質，卵狀披針形或披針形，長6-14釐米，寬3.5-5釐米，頂端長漸尖，漸尖部分長10-15毫米，基部楔形或微鈍，罕有圓形，全緣或呈淺波形，兩面無毛，下面脈腋內有或無小窩孔；中脈在葉片兩面均凸起，側脈每邊7-13條；葉柄長8-15毫米；托葉闊三角形，生於幼枝上部的頂端錐狀長尖或芒尖，生於老枝上的頂端常爲突尖，長3-6毫米。聚傘花序數個簇生於葉腋內，每個花序有花2-5朵，無總花梗或具極短總花梗；花芳香，有長0.5-1毫米的花梗；苞片基部多少合生，二型哥倫比亞適宜的氣候爲咖啡提供了一個真正意義上的“天然牧場”。哥倫比亞的咖啡樹主要栽培在安第斯山區，海拔一千三百米上下的陡坡上，那裏終年氣溫大約爲攝氏十八度，年降雨量爲2000至3000毫米，北緯1 °-11 ° 15 ，西經72 ° -78 °，海拔具體範圍是可以超越2.000米。由各種因素的特殊組合，哥倫比亞的咖啡種植區的緯度、海拔高度、土壤、物種的植物起源和製作咖啡的品種，在咖啡種植區域的氣候和熱帶輻合的雙路徑產生的雨模式，在一天之內不斷變化的地形、光度，全年有利的溫度範圍，適量和雨水的分佈，以及包括選擇性採伐和改造的過程中一些常見的文化實踐區，其包括洗滌和乾燥。非常適宜於咖啡的生長，氣候溫和，空氣潮溼，並且可以不分季節地收穫。這就是哥倫比亞咖啡質量上乘的原因。哥倫比亞有三條科迪耶拉山脈南北向縱貫，正好伸向安第斯山。沿着這些山脈的高地種植着咖啡。山階提供了多樣性氣候，這裏整年都是收穫季節，在不同時期不同種類的咖啡相繼成熟。而且幸運的是，哥倫比亞不像巴西，它不必擔心霜害。哥倫比亞大約有案可查27億株咖啡樹，其中66%以現代化栽種方式種植在種植園內，其餘的種植在傳統經營的小農場內