1502年哥倫布航行抵此，到達尼加拉瓜東海岸。1522年，西班牙殖民者開始征服這個地區。1524年建立格拉納達城和萊昂城。從此尼加拉瓜淪爲西班牙殖民地，劃歸危地馬拉都督府管轄。萊昂城發展成爲政治和文化中心；格拉納達則成爲商業和農業中心。在殖民統治後期，大莊園經濟有一定的發展，菜牛、可可、藍靛成爲主要產品。1525年淪爲西班牙殖民地。17世紀中葉，英國佔領了莫斯基託海岸並宣佈爲英國的保護地，直到1786年與西班牙籤訂《倫敦協定》，才暫時撤離尼加拉瓜首都馬那瓜（Managua）位於國境西部，地處馬那瓜湖南岸，並由此得名。西北距太平洋岸科林託海港140公里。海拔55米。是一座風景秀麗的西班牙式城市。因地處太平洋火山活動地震帶東側，100年多來，該市曾爆發過4次強烈地震，其中以1972年12月的一次對城市的破壞最爲慘重。重建的馬那瓜，在減少人口密度、大企業遷移外地和提高建築防震能力等方面採取了許多重要措施。馬那瓜一詞來自印第安人的納華爾語，其含義有兩種解釋，一是“墨西哥人的地方”，二是“水邊”。大約1萬年前，馬那瓜湖畔就有人類活動，從阿考林克遺址可以看到古代人類活動留下的遺蹟。由於地震等自然災害，居民曾多次遷移。16世紀初西班牙人征服尼加拉瓜時，這裏還是一個比較重要的印第安人村鎮。1846年成爲城市。1852年被定爲共和國首都。從此這裏成爲全國的政治中心

適宜的氣候，爲咖啡的種植提供了優良的生長環境。富含礦物質的火山灰土壤，爲咖啡樹的種植提供了充沛的養料。優質的尼加拉瓜咖啡，也多種植在該國的北部和中部高地。最好的咖啡產於馬塔加爾帕（Matagalpa）產區，這裏出產的咖啡備受世界咖啡愛好者的推崇，逐漸受到了精品界的重視。豐沛的降水、適宜的溫度、高海拔、肥沃的土壤，得天獨厚的種植生態，是造就尼加拉瓜高品質咖啡的前提。

尼加拉瓜是一個經濟落後的農業國，是中美洲最貧窮的國家之一，失業率很高，人民生活貧困，而咖啡是尼加拉瓜的支柱產業，每年生產近十幾萬噸咖啡豆。由於經濟基礎差，咖啡業仍然比較落後，而咖啡農們也處於較貧窮的狀態。

尼加拉瓜雖是中美洲的擁有大面積國土的國家，卻不是咖啡世界中的大產國，與它的鄰居哥斯達黎加相比，產量與名氣都弱了不少。但質量上乘的尼加拉瓜咖啡在世界咖啡豆中位居前列，享有美譽。

傳統的尼加拉瓜咖啡農多習慣使用水洗處理法對咖啡果實進行後續的加工。咖啡農們更習慣使用水洗處理法，來保證咖啡生豆的風味更穩定和乾淨，直到約2009年後，咖啡農的傳統觀念纔有所改觀，開始更多地區嘗試全日曬和蜜處理等加工方式。

前面我們提到的馬塔加爾帕產區是出產尼加拉瓜最優質咖啡的咖啡產區，而這裏有個值得介紹的重量級咖啡莊園——檸檬樹（El Limoncillo）。該莊園位於馬塔加爾帕海拔950~1300米之間的高原地區，栽種的咖啡樹周邊多有高聳的針葉林，爲咖啡樹的生長提供遮蔭。這讓咖啡樹既能獲得陽光的照射，又能避免植株被烈日灼傷。

爲保證咖啡的品質，在咖啡果實的採摘環節會使用人工採摘的方法，將完全成熟的果實逐個摘下，採摘通常需要三次才能完成。手摘法雖然人工成本高，且採摘效率低下，但這可以極大限度地保護植株，不讓果樹在採摘的過程中受到傷害，同時成熟的果實會擁有更好的甜度。生產者們的努力沒有白費，檸檬樹莊園的咖啡在08年的尼加拉瓜卓越杯COE全國大賽上奪得了第二名的好成績。這款豆子外觀漂亮，水洗處理後的風味細膩豐富，具有水果和香草、奶油的香氣，從此一戰成名獲得了更多的矚目