1942年日本佔領印尼，1945年日本投降後，印尼爆發八月革命，1945年8月17日宣佈獨立，成立印度尼西亞共和國。

印度尼西亞獨立後，先後武裝抵抗英國、荷蘭的入侵，發動了三次獨立戰爭。1947年後，荷蘭與印尼經過多次戰爭和協商，於1949年11月簽訂印荷《圓桌會議協定》。根據此協定，印尼於同年12月27日成立聯邦共和國，參加荷印聯邦。

1950年8月印尼聯邦議院通過臨時憲法，正式宣佈成立印度尼西亞共和國，同一年印尼成爲聯合國第60個成員國。1954年8月脫離荷印聯邦。

1967年，印尼與馬來西亞、菲律賓、新加坡和泰國成立了 “東南亞國家聯盟”（ASEAN，簡稱“東盟”），東盟已經擁有10個成員國，印尼是最具影響力的成員之一。[6] 

1997年亞洲金融危機對印尼造成全面衝擊，引起局勢動盪。

1998年5月，執政長達32年的蘇哈托總統辭職，副總統哈比比接任總統。1999年10月，印尼人民協商會議（簡稱人協）選舉瓦希德爲總統，梅加瓦蒂爲副總統。2001年7月23日，人協特別會議以瀆職罪罷免瓦希德總統職務，梅加瓦蒂接任總統，哈姆扎·哈茲任副總統。

2004年7月，印尼舉行歷史上首次總統直選，原政治安全統籌部長蘇西洛和人民福利統籌部長尤素夫·卡拉（Muhammad Jusuf Kalla）通過兩輪直選勝出，2004年10月20日宣誓就任總統和副總統。

2005年8月，印尼政府與“亞齊獨立運動”分離組織達成和平協議。2006年7月，印尼國會通過亞齊管理法。2006年12月，亞齊舉行地方選舉，前“亞獨運動”領導人伊爾萬迪·尤素夫（Irwandi Yusuf）和穆罕默德·納扎爾（Muhammad Nazar）當選省長和副省長。2012年4月，前“亞齊獨立軍”領導人宰尼·阿卜杜拉（Zaini Abdullah）和穆扎基爾·馬納夫（Muzakir Manaf）當選省長和副省長，任期至2017年

1696年，當時荷蘭駐印度Malabar的總督將一批咖啡苗送給荷蘭駐巴達維亞batavia（今雅加達Jarkata）的總督，這是印尼首次種植咖啡。不過，這第一批咖啡苗被洪水沖毀。1699年，巴達維亞再次接受饋贈，這一次，咖啡苗順利成活下來，並在1701年迎來第一次收穫，開啓了印尼的咖啡之旅。

最初，咖啡種植於雅加達及附近區域，後來，種植區域逐漸擴大到爪哇中部及東部，蘇拉威西島、蘇門答臘島、巴厘島也開始種植。與此同時，在印尼東部，當時隸屬葡萄牙領地的弗洛勒斯島Flores及帝汶島Timor也有咖啡種植，只是咖啡苗的源頭不同。

1711年印尼咖啡就開始供應歐洲市場，彼時，印尼是非洲及阿拉伯之外，第一個大規模種植咖啡的國家。18世紀80年代成爲當時世界最大咖啡出口地。Java咖啡的聲名始於此。

印尼咖啡的繁榮的未能持續，18世紀末咖啡生產受到致命打擊，最初發現於西爪哇的葉鏽病迅速蔓延，摧毀了印尼的阿拉比卡咖啡莊園。咖啡貿易的首領地位被美洲產國取代。不過，值得一提到是，這場葉鏽病災難並沒有禍及東部印尼產區，即弗洛勒斯島和帝汶，現今，帝汶的某些咖啡樹，其基因可以追溯到16、17世紀。

根據ICO數據，2013年，印尼咖啡產量居世界第三位，雖然80%都是羅布斯塔咖啡種植方式

荷蘭殖民時代，咖啡種植多以大型莊園爲主，二戰以後，經歷過國有化進程及獨立運動，如今印尼所產咖啡約90%爲小型農戶生產。

 

咖啡品種

最初，印尼咖啡爲阿拉比卡種，18世紀末的葉鏽病災難摧毀了阿拉比卡莊園，最初，荷蘭人嘗試種植利比里亞種，後來，開始大規模種植羅布斯塔種。

現在，印尼生產的咖啡中，阿拉比卡種約佔10-15%，其餘爲羅布斯塔，利比裏卡種雖有產出，但是基本不在咖啡貿易之列