洪都拉斯於1821年9月15日宣佈獨立，但1822年被併入墨西哥第一帝國。1823年加入中美洲聯邦，1838年10月退出中美洲聯邦，成立共和國。1840年洪都拉斯在危地馬拉獨裁者拉斐爾·卡雷拉支持下，保守派弗朗西斯科·費雷拉建立獨裁政府。1853年以後，洪都拉斯國內的自由派和保守派經常發生政變和內戰，政權更迭頻繁。金、銀礦業遭到破壞、影響經濟發展甚巨。從1840年代起，英國侵佔洪都拉斯東部地區和巴亞羣島，修建鐵路，並取得大片土地的租讓權。

洪都拉斯自1821年獨立以來至1978年，共發生139次政變，是拉丁美洲政變最頻繁的國家之一。1957年大選中由自由黨的拉蒙·比列達·莫拉萊斯勝選擔任總統。1963年武裝部隊司令奧斯瓦爾多·洛佩斯·阿雷利亞諾在美國策動下發動政變，推翻了莫拉萊斯政權，並於1965年當選總統。1971年國民黨拉蒙·埃內斯托·克魯斯競選獲勝，但執政不久，阿雷利亞諾又一次發動政變上臺。1975年武裝部隊司令胡安·阿爾韋託·梅爾加·卡斯特羅發動政變，取代阿雷利亞諾。而1978年武裝部隊司令波利卡波·帕斯·加西亞發動政變，組成以他爲首的軍人委員會

薩爾瓦多的咖啡佔全國出口量的40%，採摘期一般在11、12月以及來年的1~3月。生豆出口幾乎持續全年。在全國14個省份共有7個省份出產咖啡，以西北部地區的查拉特南戈（chalatenango）和聖安娜（santa ana）兩省最多。薩爾瓦多所產咖啡爲100%阿拉比卡，其中68%爲波旁，波旁咖啡通常生長於海拔1062–1972米。而薩爾瓦多以得天獨厚的山地河高原爲主的地形，爲波旁種咖啡的生長提供了適宜的環境。同時，薩爾瓦多適宜的溫度和充沛的降水以及肥沃的土壤，也是孕育出品質上乘的咖啡豆的不可或缺的自然條件。薩爾瓦多的咖啡就像其他典型的海島型豆子的風味特徵一樣，均衡、柔和、質地優良

內戰造成混亂，令經濟發展受影響，但是卻很諷刺的讓咖啡古種得以保留，時局太混亂，以至於薩爾瓦多的咖啡業者沒能趕上中南美咖啡品種更新的風潮。

    薩爾瓦多所產咖啡爲100%阿拉比卡，其中68%爲波旁（Bourbon， Coffea arabica var. bourbon）,29% Pacas，其餘品種包括Pacamara，Caturra等。

    Pacas 品種，1949年首次在薩爾瓦多發現，是波旁種與卡圖拉種的自然雜交品種。

    Pacamara 品種，爲 pacas 和 maragogipe （或maragogype）的人工選育品種，1958年首次培育（一說1954）。帕卡馬拉種是難得的人工選育下的優秀品種，青出於藍而勝於藍，完美的繼承了母株的優點，既有pacas種的出色口感，生豆顆粒同時繼承了malagogipe的大個頭。Pacamara種被認爲是追求大個頭阿拉比卡種的結果1742年，咖啡由加勒比海地區傳入薩爾瓦多（一說1740）。

19世紀中期，薩爾瓦多原有的出口支柱靛藍（Indigo，染料的一種）收到歐洲人工合成染料的發展逐漸衰退，咖啡在政府主導下逐漸成爲主要出口產品。

1856年，首批693袋咖啡豆運往歐洲。一直到第二次世界大戰，歐洲一直是薩爾瓦多的首席咖啡客戶，二戰以後，該地位被美國取代。

20世紀70年代，薩爾瓦多創紀錄的生產了35萬袋咖啡。隨着內戰的加劇，咖啡產業陷入動盪。

薩爾瓦多咖啡生產一度受國內政局不穩的影響，1992年各方簽署和平協議，內戰中止。咖啡產業開始復甦