1.爪哇島 Java Coffee
最古老的產區，爪哇咖啡的盛名從18世紀印尼咖啡輝煌時代延續至今，提到爪哇咖啡，仍能令人聯想到優質美味，當時最著名的拼配就是以爪哇咖啡搭配也門摩卡。此外，爪哇產區還有極富盛名的陳年咖啡Aged coffee，或者稱作季風咖啡Monsooned coffee。
爪哇島是印度尼西亞經濟最發達的島嶼，也是人口最稠密的地區。
印尼首都雅加達位於爪哇島西北，是東南亞第一大城市。此外，印尼第二大、第四大城市都位於爪哇島。
爪哇是印尼最早種植咖啡的地區，早在18世紀就已經在世界咖啡市場上獨領風騷。著名的爪哇摩卡，以爪哇咖啡混合也門摩卡而成，代表了一個時代的咖啡印象。此外，還有經典的季風咖啡Moosooned-coffee，或陳年咖啡Aged Coffee。
爪哇島嶼的咖啡種植最初以大型農場方式進行，由荷蘭殖民者於18世紀建立，後來經歷二戰及諸多變革，逐漸轉變爲小型農戶種植。優質的爪哇咖啡通常來自現存的五個大型農場。雖然爪哇咖啡產量只佔印尼咖啡總產量的一成左右，然而卻是印尼精品咖啡的重要構成。
島上咖啡主產區位於Ijen Volcano周邊的Ijen高地地區Ijen Plateau。
爪哇咖啡傳統處理方式是水洗。
2.蘇門答臘島Sumatra Coffee
最具傳奇風味的產區，知名咖啡標識包括曼特寧Mandheling, 林東Lintong，加尤山Gayo Mountain。
蘇門答臘島，舊稱“金島 ”、“金洲”，因富含黃金礦藏知名。
蘇門答臘島地形狹長，島上地形主要是由西北至東南方向縱觀全島的巴里散山脈Barisan Mountains及東部低地。山脈綿延，擁有90多座火山和衆多火山湖，火山提供了適宜咖啡生長的肥沃的土壤。爲熱帶雨林氣候，終年高溫多雨。
蘇門答臘島是印尼咖啡的最大產地，知名咖啡的種植區主要集中在北部山地，包括最北端的亞齊省Aceh，北蘇門答臘省Sumatera Utara。包括知名的曼特寧Mandheling, 林東Lintong，加尤山Gayo Mountain。
Mandheling咖啡的命名，據說來自當地生活的民族，mandailing，產區多指向多巴湖北部山地，具體產區待查證。
Lintong咖啡，產自北蘇門答臘省、蘇門答臘島最大火山湖多巴湖Lake Toba周邊山麓，名稱來自多巴湖西南名爲lintong的小鎮。
1696年，當時荷蘭駐印度Malabar的總督將一批咖啡苗送給荷蘭駐巴達維亞batavia（今雅加達Jarkata）的總督，這是印尼首次種植咖啡。不過，這第一批咖啡苗被洪水沖毀。1699年，巴達維亞再次接受饋贈，這一次，咖啡苗順利成活下來，並在1701年迎來第一次收穫，開啓了印尼的咖啡之旅。
最初，咖啡種植於雅加達及附近區域，後來，種植區域逐漸擴大到爪哇中部及東部，蘇拉威西島、蘇門答臘島、巴厘島也開始種植。與此同時，在印尼東部，當時隸屬葡萄牙領地的弗洛勒斯島Flores及帝汶島Timor也有咖啡種植，只是咖啡苗的源頭不同。
1711年印尼咖啡就開始供應歐洲市場，彼時，印尼是非洲及阿拉伯之外，第一個大規模種植咖啡的國家。18世紀80年代成爲當時世界最大咖啡出口地。Java咖啡的聲名始於此。
印尼咖啡的繁榮的未能持續，18世紀末咖啡生產受到致命打擊，最初發現於西爪哇的葉鏽病迅速蔓延，摧毀了印尼的阿拉比卡咖啡莊園。咖啡貿易的首領地位被美洲產國取代。不過，值得一提到是，這場葉鏽病災難並沒有禍及東部印尼產區，即弗洛勒斯島和帝汶，現今，帝汶的某些咖啡樹，其基因可以追溯到16、17世紀。
根據ICO數據，2013年，印尼咖啡產量居世界第三位，雖然80%都是羅布斯塔
