剛果盆地和尼羅河流域之間的分水嶺從北向南穿過盧旺達，國內約80%的區域從尼羅河引流，另外約20%則從魯濟濟河和坦幹依喀湖取水。該國最長的河是源於西南部的尼亞巴隆哥河（Nyabarongo River），分別朝北、東和東南方向轉向後流入魯武武河並形成卡蓋拉河，卡蓋拉河將沿坦桑尼亞東部邊境流向正北方。尼亞巴隆哥河與卡蓋拉河最終都將流入維多利亞湖。盧旺達湖泊衆多，其中以基伏湖最大。該湖位於艾伯丁裂谷底部，沿盧旺達西部邊境延伸，最深處有480米，是世界上最深的20個湖之一。其它幾個面積較大的湖泊包括布雷拉湖（Lake Burera）、儒洪多湖（Lake Ruhondo）、木哈子湖（Lake Muhazi）、魯韋魯湖（Lake Rweru）和艾希瑪湖（Lake Ihema），其中艾希瑪湖是阿卡蓋拉國家公園東部平原一系列湖泊中最大的一個盧旺達屬溫帶和熱帶高原氣候，由於海拔較高，其氣溫比典型的赤道國家要低。位於該國中部的基加利日常溫度一般在12至27°C之間，全年波動幅度較小。全國範圍內也有一些地方溫差較大，多山的西部和北部比東部低窪地區的氣溫要低。盧旺達每年有兩個雨季，每一個從2月持續到6月，第二個從9月到10月；同時也有兩個旱季，其中6到9月這個持續時間較長，經常完全沒有降水，另一個則是從12月持續到次年2月，相對來說情況不及前一個那麼嚴重。降雨量因地域而不同，每年西部和西北部降水較東部和東南部爲多。不過，雨季模式已因氣候變化而出現變動。戰略前瞻組織的一份報告中稱，每年陰雨天數有時會變少，但短時間內的降雨量更大。還有些情況下單一天內就會頻繁出現傾盆大雨，降雨量超過以往一個月的總和。此外還存在雨季姍姍來遲或是提早結束的情況