咖啡豆在收成之後必須馬上處理，以免變質。產製者會用上兩種處理的方法：日曬法及清洗法。有效的日曬法是將漿果平攤在院子裏，並不時地攪動脫水中的漿果，使其均勻受熱及透氣。然後將乾燥的漿果放進機器，將外殼壓碎，並同時除去外殼及包在裏頭的一層羊皮紙狀膜，把裏頭的咖啡豆分離出來，再進行分類及裝袋。另外的一種做法，漿果先利用機械方式除去果肉，再清洗，最後是乾燥以及將咖啡豆從羊皮紙狀外膜中分離出來。無論是哪種方法，目的則一：將咖啡漿果裏含有65%的水分，降到只含10~12%的生(青)咖啡豆。

要製作上等的咖啡，最大的挑戰之一，是要確定從優良的生咖啡豆開始。頂級的製造商，好比說位於意大利特里斯特的意利咖啡公司，用上許多複雜的產程管理技術，來降低有缺陷咖啡豆的比例。其中包括用上紫外線螢光分析，來挑出發黴的豆子，以及利用三色的映像圖(黃綠、紅及紅外線)，建立每一批豆子的色彩指紋。意利咖啡公司與英國梭泰克斯公司合作，發展出一種雙色光的分類系統，在生咖啡豆就要進入烘培之前，做最後的品管。方式是由光電檢測器從落在盤子上的豆子裏，挑出其中的壞豆子，然後利用空氣噴嘴的一吹，將其單獨給剔除。這種分類的運作方式，速度可高達每秒400顆豆子，不是任何的人工所能相比;同時，它的精準度連最訓練有素的人眼也比不上。

一顆完美成熟的生咖啡豆，由具有不尋常厚壁的細胞所組成，其厚度可達5~7微米，爲植物界所少見。在烘培的過程中，這些直徑在30~40微米的細胞作用像是微反應器，所有由加熱所推動的重要化學反應，都在其中發生;咖啡迷人的味道及香氣也由此產生。不成熟的咖啡豆一方面細胞壁較薄，再者，成熟過程中最後階段所產生的重要香味蛋白前驅物質，亦付闕如。經過細菌或黴菌發酵過的豆子，細胞裏的這些重要物質也都被排空了。