布隆迪境內有兩大主要民族，爲數約只有一成半的圖西人（Tutsi）自16世紀以來就一直擁有該國的統治權，控制着主要是由胡圖人（Hutu）組成的平民百姓，再加上非常稀少的原住民特瓦人（Twa）。這種少數民族佔高位的不正常社會結構埋下國家不穩定的惡種，並且在1993年10月時到達最高峯。那時剛上任才四個月、布隆迪有史以來第一位胡圖人身份的元首，也是首任民選總統的梅爾希奧·恩達達耶（Melchior Ndadaye），遭到主要是圖西人控制的軍方暗殺。恩達達雅的死，導致全面性的種族衝突，在這場種族衝突中至少有二十萬的雙方人口遭到屠殺，而當中原來有人口6.5萬的圖西人被屠殺至剩下5000人不到。這場屠殺一直持續到2002年時主政的圖西政府終於在國際的斡旋下與四支不同的胡圖叛軍簽下停戰協議，而與最後一支反政府武裝組織民族解放力量（法語：Conseil National Pour la Défense de la Démocratie–Forces pour la Défense de la Démocratie，NCDD–FDD）的停火協議，則是在2006年9月7日時於坦桑尼亞首都達累斯薩拉姆簽署
