十九世紀傳教士從葉門引進阿拉比卡樹，但未大量栽種，直到一八九三年，又引進巴西古老的波旁咖啡種籽，才大規模栽培咖啡，也就是說，肯尼亞咖啡帶有巴西血統，由於水士、氣候和處理方式回異，肯尼亞豆風味和巴西豆截然不同。 巴西咖啡的栽種海拔低，質地較軟，果酸味不明顯。反觀肯尼亞咖啡樹主要集中在肯尼亞山附近的坡地，海拔約四千英尺至六千五百英尺，此高度適合咖啡豆發展風味，因爲山區溫度較低，成長較慢，咖啡豆的芳香成分得到充分發展，果酸味更爲明顯，質地也較硬。另外，肯尼亞早期是英國殖民地，英國人已建立一套完善的栽培、品管制度。肯尼亞獨立後，咖啡業在既有基礎上。

肯尼亞的咖啡農莊有兩個類型，一種是佔地五英畝以上的大型栽植場，不過海拔平均較低，就肯尼亞咖啡而言，大農莊的咖啡豆品質只能算中等。極品肯尼亞豆則產自小型農莊，多半位於五、六千英尺以上的山麓或火山坡地，每戶小農每季產能只有二十至七十袋左右，無力投資昂貴的水洗處理廠，但小農很團結，集合數百戶或數千戶成立合作農場，由政府出資興建水洗處理廠，小農採摘的咖啡果子就送往合作農場，統一加工，先剔除半生不熟或爛掉的果子，再進行去皮、發酵、分解果肉
肯尼亞咖啡豆肯尼亞政府極其認真地對待咖啡業，在這裏，砍伐或毀環咖啡樹是非法的。肯尼亞咖啡的購買者均是世界級的優質咖啡購買商，也沒有任何國家能像肯尼亞這樣連續地種植、生產和銷售咖啡。所有咖啡豆首先由肯尼亞咖啡委員會(CoffeeBoardofKenya，簡稱CBK)收購，在此進行鑑定、評級，然後在每週的拍賣會上出售，拍賣時不再分等。肯尼亞咖啡委員會只起代理作用，收集咖啡樣品，將樣品分發給購買商，以便於他們判定價格和質量。 內羅畢(Nairobi)拍賣會是爲私人出口商舉行的，肯尼亞咖啡委員會付給種植者低於市場價的價格。最好的咖啡等級是豆形漿果咖啡(PB)，然後是AA++、AA+、AA、AB等等，依次排列。上等咖啡光澤鮮亮、味美可口且略帶酒香。組織拍賣也是爲了滿足調配商的需求。這種拍賣會通常拍賣量較小(每宗3-6噸)，有附有種植者標誌的樣品以供買家品賞。拍賣後，出口商按不同風味、不同質量及調配商所需的數量包裝。這爲調配商提供了極大的靈活性。注重質量的德國人和北歐人是肯尼亞咖啡的長期購買商