咖啡豆內含有油脂，因此磨豆機在研磨之後一定要清洗乾淨，否則油脂積垢，久了會有陳腐味，即使是再高級的豆子，也被磨成怪味粉末了。磨豆機在每次使用完畢後，一定要用溼市擦拭刀片機臺，並用溫熱水清洗塑料頂蓋。但是對於美國流行的加味咖啡，添加的香精味道又濃又重，而且會殘存很久，在清洗前最好先放兩匙白京糖進去攪打去味一下。當然最好是一個研磨機只研磨同一種豆子，那就沒混味的問題了。

　　咖啡豆的研磨方法根據其大小可以分爲粗研磨、中研磨與細研磨三種。依咖啡器具不同而使用合適之研磨方法

研磨豆子的時候，粉末的粗細要視烹煮的方式而定。一般而言，烹煮的時間愈短，研磨的粉末就要愈細;烹煮的時間愈長，研磨的粉末就要愈粗。以實際烹煮的方式六說，ESPRESSO機器製作咖啡所需的時間很短，因此磨粉最細，咖啡粉細得像麪粉一般;用「塞風」方式烹煮咖啡，大約需要一分多鐘，咖啡粉屬中等粗細的研磨;美式濾滴咖啡製作時間長，因此咖啡粉的研磨是最粗的，一顆顆像貝殼沙灘上的京粒般。研磨粗細適當的咖啡粉未，對想做一杯好咖啡是十分重要的，因爲咖啡粉中水溶性物質的萃取有它理想的時間，如果粉末很細，又烹煮長久，造成過度萃取，則咖啡可能非常濃苦而失去芳香;反之，若是粉末很粗而且又烹煮太快，導致萃取不足，那麼咖啡就會淡而無味，因爲來不及把粉末中水溶性的物質溶解出來。

　　研磨咖啡的磨豆機有各種不同的廠牌與型式，比較理想的是能夠調整磨豆粗細的研磨機。用磨豆機研磨時，不要一次磨太多，夠一次使用的粉量就好了，因爲磨豆機一次使用愈久，愈容易發熱，間接使咖啡豆在研磨的過程中被加熱而導致芳香提前釋放出來，會影響烹煮後咖啡的香味