爲烘烤過程準備咖啡豆有兩種方法。所選用的方法對於咖啡的最終價值和質量具有重大的影響。最便宜的加工方法被稱爲“乾燥法”、此法用於較低等的咖啡豆，而較高質量的咖啡豆則用“溼處理法”進行加工。

　　乾燥法用於未經洗過的咖啡豆。溼處理法用於徹底清洗過的或半清洗過的咖啡豆。除了在巴西和埃塞俄比亞比較普遍地使用乾燥法之外，大多數阿拉伯咖啡豆都是用溼處理法加工的。在印度尼西亞，有一些羅百氏特咖啡豆用溼處理法加工，但是這在當地並不普遍。

　　乾燥法;

　　溼處理法溼處理過程需要更大的資金投入和更多的精力，但此法卻有助於保證咖啡豆的質量，減少損害。乾溼兩種方法最主要的區別是：在溼處理過程中，果肉被立即從咖啡豆上分離開，而不像乾燥法那樣讓其變幹。

　　果肉在分離機中是這樣被分離的――在具有一個固定面和一個活動面的機器中或者在有可活動杆的機器中，果實被壓碎，從而果肉與咖啡豆分離。爲了保證咖啡豆的質量，果肉的分離必須在收穫後儘可能快地進行，在12小時之內是最理想的，但是不能超過24小時。若咖啡豆被放置時間過長，果肉就會變得很難與咖啡豆分開了，從而導致不完全分離而可能損壞咖啡豆。

　　與咖啡豆分離的果皮和果肉將用水沖洗掉。沖洗槽設計成具有將輕而嫩的咖啡豆與厚實而成熟的咖啡豆分開的功能。這樣的分離也可以由奧高(Aagaard)分等機來完成。奧高是挪威的一名咖啡種植者，他在肯尼亞種植咖啡期間，設計了一套裝置，通過過濾器把咖啡豆篩選進入一個大的水容器裏，大而飽滿的的咖啡豆首先沉入水中，比較輕的咖啡豆則一直待在大容器裏。在這一加工過程中，水可以循環使用。

　　下一步驟是最基本的發酵，也就是利用酵素的作用，分離覆蓋在內果皮上的滑膩膠漿。咖啡豆被貯存在發酵箱內大約12～36小時，所用時間主要是由周圍溫度、膠漿的厚度和酵素來決定的。當這個過程完成以後，咖啡豆周圍的內果皮不再粘滑了而是有卵石般的手感。

　　在整個溼處理過程中質量控制對防止咖啡豆腐爛至關重要，因爲即使只有一粒咖啡豆爛掉，都有可能損害全部咖啡豆。基於這個原因，所使用的設備必須天天清洗以確保進行下一輪加工之前沒有任何雜質留下。

　　曬乾咖啡豆

　　溼處理過程之後，咖啡豆被保存在內果皮殼內，這樣的內果皮仍然含有大約15%的水分。內果皮必須被幹燥到水分含量大約爲11%時才能保證咖啡豆在一個穩定而安全的環境中貯存。水分含量是相當關鍵的，因爲如果阿拉伯咖啡豆被過度乾燥至含水量爲10%，它們就會失掉原有的藍綠色，質量也會有所下降。

　　外覆內果皮的咖啡豆要平鋪在水泥地上、石板地上、乾燥的桌子上或者盤子上進行乾燥，這與乾燥法很相似。

　　較大的種植園或者在雨水可能被破壞乾燥過程的地方有時使用機械乾燥機，咖啡豆被放置於空調箱內，乾燥的風吹在咖啡豆表明。乾燥過程也可以通過太陽照曬來完成，咖啡豆要定時翻一翻以保證完全乾燥，這一過程需要12～15天。最重要的是內果皮不能破裂，如果陽光太強，就必須將咖啡豆遮蓋起來。

　　至此，整個工序完成，咖啡豆就成了衆所周知的“羊皮紙咖啡豆(parchment coffee)”(因咖啡豆外覆的內果皮頗像羊皮紙，故稱)。一般情況下，咖啡豆一直以這種形式保持到出口前夕。

　　由於生產咖啡豆的國家需要全年而不是僅僅在大約三個月的收穫期出口咖啡豆，所以咖啡豆要在絕對穩定的環境下，以“羊皮紙咖啡豆”的形式貯存起來。高溫是咖啡豆的大敵，而且溼度達到70%時也很容易破壞咖啡豆，基於這個原因，“羊皮紙咖啡豆”一般不貯存在生產地的農場裏(儘管在有些地方沒有選擇的餘地)。高地種植的咖啡豆應該貯存在與其種植地的海拔相同或相近的地方，因爲它們特別易受溼度的影響。在這種環境下，阿拉伯咖啡豆存放時間不應該超過12小時，羅百氏特咖啡豆則可以貯存稍長時間。

　　研磨或去殼

　　咖啡豆在出口之前，要用研磨法處理一下，也就是說把準備出售的阿拉伯和羅百氏特咖啡豆上面的內果皮去掉。去除、清洗內果皮和乾燥過程後咖啡豆殘留的外殼也稱爲去殼或脫皮。

　　在溼處理過程中去除咖啡豆的內果皮比在乾燥過程中去除更困難，所以需要使用不同的去殼機。主要有兩種機型：摩擦去殼機和緊壓去殼機。恩格爾貝格(Engelberg)和非洲型號的摩擦去殼機適用於幹或溼的咖啡豆：在一個圓筒形的盒子裏，咖啡豆在線形凸調和刀子之間被擠壓，外殼被刀子刮碎後，露出豆子。

　　“羊皮紙咖啡豆”通常在斯莫特(Smout)摩擦去殼機上去殼。斯莫特(Jules Smout)是比利時人，蘇格蘭人後裔。他出生於普魯士(Prussia)的克耐斯伯格(Koenigsberg)，定居於危地馬拉。1844年，他研製出咖啡脫皮機，該機裝有一個帶螺桿的旋轉體，旋轉體在裝有螺線的盒子裏轉動，而螺線則以相反的方向轉動。當咖啡豆被動力推動沿着旋轉體運動時，內果皮則被從咖啡豆上剝掉。因爲旋轉體轉動相對很慢，所以旋轉體產生的熱量少於其他類型的去殼機。

　　其他去殼機包括滾動方式去殼機(主要用於產於南美洲的被幹燥過的咖啡豆)和橫杆去殼機(內部裝有刀子)。

　　除了巴西以外，其他地方是用緊壓去殼機處理“羊皮紙咖啡豆”而不用摩擦去殼機。去殼時咖啡豆必須有適度的含水量，否則就有可能破裂。緊壓去殼機包括一個在環形體內旋轉的水平盤，圍繞這個盤子的邊緣是鐵針或鐵桿。機器運轉時咖啡豆由於離心力作用而與鐵針相接觸，從而使內果皮殼脫落。

　　拋光

　　去殼後殘留在咖啡豆上的銀色外皮須通過拋光法除掉。大多數拋光機與斯莫特去殼機有相似的工作原理，不同的是用銅杆代替鐵桿，因爲銅杆給咖啡豆造成的破壞稍小。銅也給咖啡豆鍍上迷人的青藍色。用緊壓去殼機處理過的咖啡豆通常要被拋光，因爲它們看起來總是比用摩擦法去殼機的咖啡豆雜亂。

　　歷史上認爲，拋光過的咖啡豆要比未拋光過的咖啡豆檔次高，而事實上，最終調製成飲品在杯子裏品嚐時，是幾乎沒有什麼區別的。也有人固執己見地認爲拋光的價值會被杯子的質量所影響，但又很難找到確鑿的證據。