取出紅色果子粘粘的豆莢後，移入大型水槽，接下來就是進行最重要的水洗髮酵處理除去豆莢上的果膠屑。此一粘稠物不易用水衝除，需以水槽內各種細菌進行水解，將果膠分解成果膠酸，在不斷攪拌磨蹭和沖刷槽內豆莢，加速果膠脫離豆莢。發酵過程約需16至36小時，視溫度和溼度而定，此時槽內會自然產生蘋果酸.檸檬酸.醋酸.乳酸和丙酸。有趣的是，生豆本身幾乎不含醋酸，但水洗處理的發酵過程，卻可增加豆子的醋酸濃度，有益咖啡風味。這些酸性物質不但可以抑制黴菌寄生，部分酸香精靈也會摻進豆裏（這就是爲何水洗豆果酸味較重的原因）但必須隨時取樣視豆莢上的粘稠果膠是否除乾淨，再決定是否停止發酵，取出乾淨豆莢。一旦超過 36--72小時，就可能發酵過度，產生太多脂肪酸和酪酸（butynic acid)而發出惡臭，而且豆子摻進過多的酸性物亦會使咖啡過於酸澀，渝爲劣質豆!

 

.巴西式半日曬---自然脫除果膠:

     
巴西過去慣用日曬法，品質好壞差落很大，讓巴西渝爲中下品質的代名詞。但這個全球最大的咖啡產國爲了提升品質扭轉形象，於90年代進行品質大革命，大力推管獨步全球的半日曬法。

     

巴西咖啡田一望無際，多半用機械採收，以符合經濟效益。當咖啡園75%的咖啡果子變紅，既開始機械採收，接着進行水洗相同的前置作業，既移入水槽剔除浮豆，篩出沉豆，再以大型果肉篩除機，刨出果肉，取出沾滿果膠的豆莢。接下來的階段則與水洗法分道揚標：粘稠的豆莢不需移入水槽發酵，改而移到戶外的曬豆場，由於巴西氣候很乾燥，約一天左右豆莢上的粘稠果膠會變硬。再動用大批的人力上下翻動，讓豆莢裏外均勻乾燥，以免回潮發臭，約兩至三天藉助陽關與乾燥氣候的自然力，豆莢可達到一定的脫水度。接着再以烘乾機進一步乾燥，含水量降至10.5--12%，再將豆莢儲存到特製的容器內約十天，進一步熟成，以求品質穩定，出口前再磨掉羊皮屑（既豆莢），取出咖啡豆，分級包裝。