咖啡的酸度通常被認爲與咖啡質量有關。酸度是典型中美洲和東非洲高價值咖啡的特性。過度酸味被認爲是咖啡的缺點。酸度與種植在很高海拔和富含礦物質火山土有關。

　　水洗豆的酸度比日曬(自然乾燥)豆的酸度高。像日曬豆的濃度比水洗豆重，由於濃度遮蔽過咖啡的酸度。咖啡飲料的酸物質與烘焙程度，以及烘焙法和沖泡方式關係很大。咖啡的pH也與咖啡的酸度有關。一杯好咖啡的pH值最好在4.9到5.2之間。

　　咖啡生豆和烘焙豆中含有100多種酸物質。氯原酸和奎寧酸是生豆中的主要酸物質，其次是蘋果酸和檸蒙酸。烘焙中氯原酸複合物被降解成更小成分，形成像醋酸和甲酸等成分。由於這些成分揮發性很高，在隨後的烘焙階段即已消逝。

　　氯原酸

　　氯原酸實際上是介於奎寧酸和酚類像肉桂酸的酯族成分。咖啡中最多的是咖啡奎寧酸(5-O-caffeoylquinic acid)，介於奎寧酸和咖啡酸之間的一種酯質。Robusta生豆已經發現超過17種不同的氯原酸，但是氯原酸的量似乎因產地、和咖啡品種而有不同。

　　咖啡酸

　　咖啡提供最豐富氯原酸飲食來源。根據報告，一杯200cc咖啡含有70-350 mg氯原酸，將供應35-175 mg咖啡酸。咖啡中的氯原酸具有維護健康功效。雖然氯原酸和咖啡酸在試管內具有抗氧化作用，到底有多少抗氧化力則還未知，因爲之在體內廣泛被代謝，而其代謝物經常比先軀物質具有更低抗氧化力。

　　咖啡酸是不只存在於咖啡，同時存在大量可食性和不可食性植物中。具有抗氧化劑。另方面，目前的研究顯示咖啡酸可能也是致癌物質。咖啡酸的健康功效還未知。