一般來說，咖啡豆內，阿拉比卡咖啡豆含1.1%~1.7%的咖啡因，而羅布斯塔咖啡豆含有2%~4.5%d的咖啡因。低因咖啡被規定衝煮出的咖啡中，咖啡因含量不得超過0.3%。也就是說一杯低因咖啡內咖啡因不得超過5毫克。
低因咖啡豆，實際上只是消除了97%左右的咖啡因，並非完全除因。
低因處理的步驟必須在咖啡生豆的狀態下才能進行。
現今總共有三大類處理方法可以去除咖啡因：傳統的/歐式處理法（European Process）、瑞士水處理法（SWP，Swiss Water Process），以及二氧化碳超臨界處理法（CO₂ Process）。這三種方式都能非常有效的移除大多數的咖啡因，咖啡豆內只殘留原咖啡因總量的2~3%，但或多或少，都會影響到咖啡本身的風味。
二氯甲烷只出現在傳統的/歐式處理法（European Process），二氯甲烷（CH 2 Cl 2 ）是脫咖啡因最常見的方法，佔低因咖啡市場的50-75％。
歐式處理法，有兩種細分：
直接溶劑（二氯甲烷）法。蒸氣打開生豆孔，直接噴咖啡因溶劑，繼續用“蒸”的方式去除溶劑和咖啡因。
間接溶劑（二氯甲烷）法。熱水浸泡生豆，把一切能泡的東西都泡出來。水豆分離。用溶劑取出熱水中的咖啡因，剩下的“味道”噴回淡而無味的豆子軀殼上……
瑞士水處理：第一批生豆泡熱水，能溶解的物質都溶入水中後，豆子扔掉。水中的咖啡因用碳濾方式去除，餘下“風味飽和的液體”。此後再往裏面加生豆，只有咖啡因會溶解，“風味們”則還留在豆子裏（溶解度問題）。更厲害的是，只要再碳濾一下，咖啡因去除後的“風味飽和液”還能繼續使用。
之前刷了一波屏的透明咖啡，專業人士推測應該是採用了類似瑞士水處理的方法來去色
最後一種方法光聽名字就厲害了，叫“超臨界二氧化碳高壓萃取法”。生產商會在咖啡豆中加入經高壓處理的液態二氧化碳，在高壓狀態下，二氧化碳呈現半氣態、半液態地狀態，這個狀態下的二氧化碳能主動與咖啡因結合，然後將二氧化碳轉化成氣態釋放，就可帶走咖啡因，此舉成本較高，但對咖啡味道影響相對小。
低因咖啡製作過程複雜，產量普遍不高，現在市面不時還會缺貨。但低因咖啡並沒有物以稀爲貴，其加工成本只是比普通咖啡豆高5%－10%，而且市場接受度還不高，因此低因咖啡與普通咖啡的價格通常相差無幾。低因咖啡豆因爲經過比正常咖啡豆還多的處理程序，因此更易氧化變質，密封保鮮期會比普通咖啡豆少30－60天。
沒有了咖啡因的咖啡，風味肯定有所減退，特別是用化學方法“脫因”的咖啡豆，除了始創者意大利咖啡illy技術成熟之外，少有對此技術能駕馭得好的，難免有化學溶劑二氯甲烷的殘留，影響咖啡豆的風味。
這樣一款既不提神，風味又打了折的咖啡，除了少數特殊人羣，誰也不喜歡，就算在美國，根據美國咖啡協會的數據，也只有不到10%的人會選擇低因咖啡。美國心臟協會還宣佈，研究發現，低因咖啡可能會升高人體的低密度脂蛋白膽固醇，可能會影響心臟健康……
咖啡因有助於分解人體內的膽固醇，低因咖啡因爲咖啡因含量極少，就沒有這個作用，加糖、加奶來飲用，反而會變成不健康的飲品。低因咖啡風味比一般咖啡淡，如果爲了健康而飲用低因咖啡，還不如選擇飲無奶無糖的“齋啡”。
答案可能會讓你失望，有的，但產量極少，而且價格超貴。
尖身波旁咖啡因含量僅有0.6%，是世間僅有的天然低因咖啡品種
尖身波旁是留尼汪島衍生出來的變種，正常的波旁品種，豆身是短圓的，但1810年波旁島的咖啡農雷洛伊發現園裏有株矮個兒咖啡，葉子更小，狀似月桂葉，咖啡豆也更爲尖瘦，產量比一般波旁更少，經當時植物學家證實是新變種，便用發現她的人的名字"雷洛伊"爲她名命了，也由於豆體兩端很尖，因此俗稱爲尖身波旁。
除了外形獨特外，尖身波旁的身上還有一些獨一無二的特性，使她成爲一個獨特的品種。 她是天然的半低因咖啡，咖啡因含量僅僅是普通阿拉比卡的一半，常見的阿拉比卡的咖啡因含量約爲1.2%，尖身波旁僅有0.6%，但香醇不減，有豐富的水果調。
尖身波旁的另一個特性是產能低，遠遠低於其他咖啡品種，極易受外部環境的侵擾而生病，也因爲這個原因1950年波旁島農民捨棄了咖啡，搶種更好賺錢的甘蔗，弄得島上的波旁圓身與尖身一度被認爲絕跡了，直到2001年日本上島咖啡（UCC）的專家川島彰代纔得到尖身波旁還存在的確定消息，並與法國國際農業發展研究中心的植物學家，聯手覆育半低因尖身波旁，2006年採收了第一批再臨人世的尖身波旁，產出的700公斤尖身豆，精選240公斤運抵日本，由上島咖啡烘焙後包裝成每單位100克的袖珍包，要價7350日元，一天就被搶光了。2011年更是漲價到每100克8400日元（相當於500元人民幣），是當今最高貴的咖啡。
