一般正常情況下，樹齡4—5年的咖啡樹都會開花，花期約在2—3月。它的花朵，是白色管狀花瓣，帶著茉莉般的芳香。咖啡花在外觀和氣味與茉莉花相似，開花時緊生於咖啡樹枝呈簇狀。白色的花瓣及清淡的茉莉花香，顯得高貴優雅，但可惜它的花期極短約3—5天。因此能夠欣賞咖啡園內咖啡花海的盛況是非常難得的機會。
未成熟咖啡果實爲綠色，經過6—7個月的成熟期後，成熟的果實外皮呈紅色，由於其形狀、顏色與櫻桃相似，因此，外國人稱成熟咖啡果實爲櫻桃（Cherry）。
咖啡櫻桃的結構是這樣的：紅皮（外果皮）下面是有一層果肉（中果皮）裏面有一個小薄層，再往裏是一層像羊皮紙一樣的物質——內果皮。在所有這些果皮的裏面同時有兩粒平面相對的豆子，豆子外面有一層薄膜或外皮。
大多數正常的咖啡樹會產一些比一般的要小些的咖啡櫻桃，櫻桃當中只有只有一個豆。這種單豆咖啡有不同的叫法：單粒圓咖啡豆、珠粒或者螺旋咖啡豆。它沒有扁平的一面而是又小又幾乎完全是圓形。將這類豆分揀出來放在一起就是珠粒咖啡，它比產自同一棵樹上的普通咖啡豆賣的價錢要稍高些。很多人聲稱珠粒咖啡的口感會更好，這可能是特殊分揀造成的。特殊分揀法可以將任何有欠點的豆子一一揀出來，加上數量少，品質也因此得到進一步的保證。
不同品種、不同地理區域的咖啡豆，其成熟期是不同的。大多數阿拉比卡咖啡豆的成熟期是6—8個月，羅布斯塔咖啡豆是9—11個月。
在赤道以北（如埃塞俄比亞和中美洲）的地區，一般都在9—11月份收穫一次；赤道以南，如巴西和津巴布韋（Zimbabwe）地區，儘管收穫期能持續到8月份，但主要的一次是在4月或5月；赤道地區的國家，如烏干達（Uganda）和哥倫比亞，全年都能收穫，尤其是那些能善於利用各種不同海拔高度的種植園。因此，一年的多數時間都可能有新收的咖啡豆。
當咖啡果實成熟，要立刻採收，但當同一株樹上出現不同成熟期的果實，採收工作就不是一件容易的事，既耗時亦耗工。一般來說，從初期採收到完全採取時間長達4—5 個月，但如果將成熟與未成熟的果實同時摘取，則會降低咖啡的品質，因此多數咖啡堅持以人工方式將成熟果實一顆一顆，小心翼翼的從咖啡樹上摘取下來，保持最完美的咖啡味道。一年之間一株典型的阿拉比卡咖啡樹生產的果實不到5 公斤，可製成約1公斤的咖啡豆。
當一棵樹的大部分咖啡櫻桃都成熟時，一個採摘者可能會“剝摘”整棵樹，用手指沿著樹枝滑下去，讓熟了和不熟的咖啡櫻桃都落到地上去，然後用耙子耙起來，並由工人進行“揚糠”。
工人拿著一個大孔的篩子將耙在一起的咖啡櫻桃向空中投揚幾次：嫩枝、葉子、咖啡櫻桃和灰塵被揚得很高，工人就像變戲法一樣，當風把稍微輕的東西吹到一邊時接住下落的咖啡櫻桃。
當咖啡果實採收下來，首先要去除外皮和果肉，再將取出的咖啡豆發酵曬乾加工製成生豆。咖啡果實富含水分，稍微擠一下就爆漿了，汁液則有淡雅的清甜味。撕開果肉，由果膠層保護的羊皮層（又稱豆殼、種殼、內果皮）就蹦出來了。而果肉洗乾淨後，可拿去泡果肉茶、或釀成咖啡漿果酒、或直接當肥料使用。
手工剝摘的一個主要的問題是其中有很多咖啡櫻桃並不處在最適成熟期，這些沒熟好或熟過了的咖啡櫻桃必須額外地挑選出來，不然就會降低咖啡的等級。以手工分揀咖啡櫻桃開始，最優質的阿拉比卡要經過好幾次的篩選，最初的手工分揀經常由婦女和兒童來完成。
所摘咖啡豆的數量取決於多種因素，最顯而易見的就是樹的高矮和弄成或種植園的佈局。一般的農場平均每個採摘工一天能摘50—100公斤。可是這些重量中只有20是真正的咖啡豆，因此平均每個採摘工只能摘10—20公斤的咖啡豆。咖啡豆袋的標準重量爲45—60公斤的袋子。所以一個工人需要3—6天的時間才能裝滿一袋。
有人計算過，一個種植園或農場收穫時的費用是全年總費用的一半。在巴西，人們已多次嘗試用機械採摘機來降低這些費用。這種機器橫跨在咖啡樹上搖動樹枝，這樣那些因熟透而變得鬆動的漿果就會掉下來落入漏斗裏。機械採摘機只在自然條件較好的地帶適用，而且它們需要事先，因爲只有在能一排排地把樹種得很直的地方纔能使用這種機器，事後還需要檢查機器採摘的咖啡豆，把掉在漏斗裏的葉子和樹枝揀出去。
所以，很大一部分咖啡都是手工採摘，這就需要大量的季節性勞作，採摘工必須得注意不能摘不熟的、壞的、或太熟的咖啡豆，因爲他們會影響所收穫的整體品質。那些已經不太好的咖啡豆被稱作“普通的”、“酸的”或者“發酵的”而加以分類，最後一種是極差品。
水洗式（wet method）
先將咖啡櫻桃外層的果肉除去，然後浸泡在一個很大的盛滿水的水泥槽內。經過發酵處理之後，水洗式咖啡會有一種特有的鮮明清澈的風味。發酵過後的咖啡豆再以清水洗過，然後排除水份再放在陽光下曬乾或是用機器乾燥之。最後用脫殼機將肉果皮和銀皮除了，即可進行篩選並分成不同等級的生咖啡豆。
乾燥式（dry method）
處理方式是將咖啡櫻桃廣佈在曝曬場上兩個星期，每天用耙掃過幾次，咖啡豆可以乾的比較均勻。當曬乾之後，咖啡豆會與外皮分開，以脫殼機將幹掉了的果肉，肉果皮去除，然後經過篩選並分成不同的等級。
水洗式或乾燥式都能生產出最優質的咖啡。水洗咖啡一般來講會有比較鮮明的酸度和一致的風味；乾燥式咖啡的酸度則比較低，風味也比較多變化。哥倫比亞，肯尼亞，哥斯達黎加，危地馬拉，墨西哥，和夏威夷等地都用水洗式的方法。國家包括巴西，依索匹亞，和印尼生產的咖啡大部分都是用乾燥式處理法，但是也有生產一些水洗式的咖啡。咖啡的篩選和等級是根據豆的顆粒大小和濃度來決定的，另外也取決於一磅豆內有多少的缺點豆（成熟豆下面碎掉的豆，等等）。就像是最好的葡萄酒，專業咖啡在生產過程中謹慎甚細心處理和選擇可以從豆的品質上看得出來，因爲產品上會有獨特的表徵，它代表着產地，氣候和種植者。
