一旦咖啡被種植並運輸到加工站，下一步就是從櫻桃中去除外層果肉，這樣豆子本身就可以被提取出來了。到目前爲止，絕大多數咖啡加工都是通過水洗工藝進行的，其中機械和生化工藝用於去除咖啡豆周圍的外層。
在本節中，我們將簡要討論洗滌過程，提供基本概述，並討論每個步驟的細微差別。
步驟1：咖啡分離
分離是櫻桃從原材料到生豆的旅程中的第一步。在第一步中，所有的咖啡櫻桃都被放入一個大容器中（一個典型的游泳池大小），以初步分離櫻桃和異物。
密度小於水的物品會漂浮到頂部，通常由樹葉，樹枝和其他雜物組成。除了物理上分離碎屑外，此步驟還通過從完全成熟的紅櫻桃中分離密度較小的未成熟豆（通常爲黃色/綠色）來提高質量。下圖顯示了一個典型的分離罐，其中有未成熟的（黃色）豆子和異物將被從其餘批次中虹吸掉。
這些較低密度的未成熟咖啡豆通常質量較差，並且被許多特色咖啡烘焙商稱爲“漂浮物”。在許多國家，通常將這種咖啡出售給當地人以供內部消費，以便更好的咖啡流向消費國。
步驟2：將咖啡除漿
現在只分離出成熟的豆子，下一步就是從櫻桃中去除外層果肉。在此階段，將豆類壓在旋轉的圓柱形篩網之間，這些篩網實際上將外層剝離。通常使用兩種類型的除漿機之一執行此過程：手動和電動。
儘管大多數除渣器都是機動化的，但較小的農場往往會採用更傳統的手動除渣器，如下圖所示。一旦脫漿，咖啡仍將具有一層粘稠的粘膠層，將在後續步驟中將其除去。 在需要處理大量咖啡的大型農場中，手動碎漿機太過侷限，通常使用電動除漿器。
步驟3：咖啡發酵
現在，已經從果肉中除去了豆類，仍然在豆類上附着了粘液。爲了有效去除該粘性粘液，使用了發酵。
由於粘液層包含較高濃度的水分，糖和果膠，因此它爲周圍環境中的酵母和細菌發酵提供了有利的環境。這種受控的發酵類型在發酵罐中進行，在發酵罐中不斷監測條件以確保正確加工。
隨着發酵過程的進行，產生了包括乙酸，乳酸，丁酸等在內的多種酸，這些酸顯着降低了周圍溶液的pH，從而在罐內產生了酸性條件。據信，這些酸會“吞噬”粘稠的粘液層，粘液層最終會從豆上脫落。取決於豆發酵的時間長短最終會影響其質量。
通常，咖啡會在12-36小時之間發酵，但實際時間取決於以下討論的許多因素。最後，真正由咖啡農的經驗來決定何時完成咖啡並準備進行下一階段的加工。
咖啡發酵的總時間取決於許多因素，例如櫻桃的成熟程度，環境溫度，海拔高度以及許多其他因素。通常，那些海拔較高（由於溫度較低）的農場比在海平面的農場在發酵罐中需要更多的時間。視情況而定，可將豆發酵12-36小時，或直到粘液容易從豆上撕下。
通常，通過溼法處理的咖啡通常具有比干法處理的杯子更清潔和更高的酸度。因此，由於與之相關的勞動量的增加，咖啡通常傾向於獲得更高的價格。
