根據國際咖啡組織（ICO）統計，一年全球的
瑕疵豆約150萬公噸。
瑕疵豆將由產國自行消費或轉用於低價配方豆，製成綜合咖啡豆或賤價轉賣給即溶咖啡廠，製成三合一咖啡等。
雜苦味、泥巴味、鹹澀味和酸敗味等，就是
瑕疵豆的味道總合，令人難以下嚥，一杯咖啡只要有一顆黑豆或酸臭豆，就足以毀了一杯好咖啡，唯有零瑕疵豆才能符合Clean cup的標準，精品咖啡的“地域之味”才能顯現出來。不乾不淨的
瑕疵豆是精品咖啡最大的殺手。
好品質的咖啡豆都會進行挑豆，現在許多專業的獨立咖啡店也常會說自己的咖啡有經過挑豆，那麼挑豆到底在挑什麼？
所謂的
瑕疵豆 （defected beans） 就是品質不好、壞掉的咖啡豆；或是咖啡豆以外混雜在整袋咖啡豆裏的物質。在咖啡生豆烘焙之前我們會進行挑豆。
咖啡生豆主要的瑕疵有幾類：
外來物質
咖啡豆以外的物質如小碎石、沙子、樹枝等各式雜物，會因爲在加工處理過程中沒有特別挑出剔除，而被一併收到整批咖啡豆袋裏面。（生產過程請參考關於你手中的那杯咖啡）
全黑豆、半黑豆
不成熟的豆子在處理過程中過度發酵，導致微生物感染。會讓咖啡有發酵味、酸臭味、酚味（藥物味）。生豆外觀發黑或成深褐色爲主要判別方式。
全酸豆、局部酸豆
採收與生豆處理時，因微生物侵入感染，發生污染性發酵。會讓咖啡有發酵味、黴味、土味、刺激性酸味。酸豆外觀有局部瘀青及發黴的徵象。
發黴豆
儲存過程溫溼度不良爲主因。會讓咖啡味道混雜，和發酵味、黴味、土味、酚味（藥物味）等。生豆表面會有摳不掉的淺綠色薄膜。
帶榖豆
去除外殼時產生瑕疵導致部份生豆外殼沒有去除乾淨。
蟲蛀豆
咖啡螟蟲在咖啡果實成熟時侵入繁殖，幼蟲啃食果實成長。會讓咖啡有腐臭味、濁味、黴味、刺激性酸。生豆表面會有一個或多個坑洞。
未熟豆
咖啡未成熟或局部成熟即被採收。會讓咖啡有有稻杆味或草青味，會嚴重破壞口感。生豆中央會凹陷成半月型狀。
凋萎豆
營養不良或生長時缺乏水分。會讓咖啡有酵味、黴味、土味等味道或異味不強烈，但是會影響咖啡的滋味。生豆會有皺摺。
貝殼豆
遺傳基因的變異造成。造成烘焙不勻，容易碳化產生焦味，過多炭化的成份會對健康產生不良的影響。中空的生豆。
破碎豆
處理過程損傷。缺口處易發黴，或是烘焙時產生烘焙不勻。因爲刀割、或是碰撞所產生碎裂等非完整的生豆。
當我們把上面這些
瑕疵豆挑乾淨之後就會開始烘培，完成之後，部分廠商或店家會在挑一次
瑕疵豆，把烤焦的豆子和一些在挑生豆時沒挑乾淨的
瑕疵豆，像是帶谷豆、蟲蛀豆、凋萎豆、破碎豆等一些比較明顯的瑕疵，還有一種只有在烘焙完成之後纔會出現的瑕疵：
白豆（又稱死豆）
未成熟或局部成熟的咖啡豆，烘焙後呈象牙色。會讓咖啡有生澀的稻杆味或草青味。
由於
瑕疵豆的種類過多無法用機器挑選，只能人工一顆一顆的用手挑出來，讓挑豆成爲一件非常花時間與人力成本的事，除此之外，挑出來的
瑕疵豆會佔總產量的一至二成以上，而這些
瑕疵豆會直接被捨棄，這也大大增加了貨物成本，所以有些廠商或店家會省去這個既花錢又花時間的步驟。
那麼，不挑又會怎樣呢？這些
瑕疵豆會讓一杯咖啡產生令人不舒服的味道，像是黴味、腐敗或腐臭味、尖銳且刺激的酸等等味道及口感。然而部分廠商，會把咖啡豆烘深一點烘，讓咖啡喝起來苦苦焦焦的，來掩蓋這些不好的味道。但儘管這些不好的味道會被焦苦味掩蓋，身體也會因爲這些不好的、壞掉的
瑕疵豆做出反應，像是頭痛、肚子痛等等，比較敏感的人還會心悸、反胃，甚至噁心想吐。而這些感覺及狀況讓不瞭解咖啡的人，或是剛接觸咖啡的人退避三舍。
瑕疵豆基本上就是壞掉的咖啡豆，喝到這些壞掉的東西，身體會產生排斥反應也是正常的，如果有機會喝一杯用
瑕疵豆煮的咖啡，就能體會
瑕疵豆是多可怕的東西。
瑕疵豆不僅讓咖啡變難喝，還會傷身體，也可能造成磨豆機與設備的損害。
不過要知道， 瑕疵豆跟大小不均的豆子的區別。以埃塞俄比亞的咖啡爲例，因爲品種的原因，看起來是大小不一，甚至會有烘焙不均，這些都很正常，並不能稱之爲瑕疵豆！
