1. 成串剝離（Stripping）：即是把樹枝上熟（紅色）與未熟（綠色）的咖啡果，成串一次過剝出來。這種採收方法快捷，可只適合在氣候乾燥的地區，因爲每一場大雨過後，便有一批咖啡果成熟。在巴西一些大農場，有人造灑水系統，不用聽天打掛的，就可以控制咖啡果的成熟時間。當樹上咖啡果大量轉紅時，可快速地利用成串剝離的方法採集，之後再用浮水測試把重量太輕，未成熟的豆子拿掉。
2.
人手挑選採摘（Hand Picking）：比如說在越南或老撾，雨季時降幾次大雨，每次一雨後會開花，然後結果，於是咖啡果會分不同階段成熟，即使是同一樹枝上，也同時掛着紅色（成熟）和綠色（未熟）的果子，成成熟了的果子又不可以留在樹上太久，因爲壞了會變黑，成爲爛豆，所以不可能用成串剝離的方法，一定要遂粒用人手採摘，只挑紅色的來採。
注重品質的地區會堅持以手工摘取，採收工人選擇性摘取泛紅色和暗紅色果皮已經熟透的咖啡果實，留下未成熟果實，待成熟後再予摘取。採收時只要摘取成熟的咖啡果實（ 紅透或接近紅透） 。用手指擠壓成熟的果實，如果裏面的咖啡豆會滑溜出來，表示已經熟透，可以摘取。每批次要在二星期之內完成採摘（即每個採摘週期爲二星期內）。採收回來，要把未成熟果實、過熟和已枯乾的果實揀掉。採收季節的最後一次採收，要把所有留在樹上的果實全部摘除掉，使結果枝準備迎接隨着而來的下一年花期。
在巴西，大部份咖啡園每年只有採收一次，不管成熟的、未成熟的、或是過度成熟的果實，在採收期一次全部掃落地上（這種採收方式稱爲 strip 刷落式採收法，把咖啡果實一次刷光）。果實掉落進入鋪在地面的塑膠布上，再將果實收集成堆。用篩子或風鼓將石塊、土塊，連同採收時摻入的雜枝、樹葉和一切雜物都給篩除，然後再將果實送到曬豆場曝曬。通常都按採收秩序將果實分別倒在曬豆場並且要分開來曬。依日期分區曝曬。
在主要咖啡生產國家，比較平坦且大面積的農園，利用機器採收，可以降低採收成本。問題是機器採收時，把成熟、未成熟、和過度成熟已經枯乾的果貫一次採收下來。品質比較低劣。爲改善品質，採收之後必須利用咖啡生果漂洗分級機，把不合格果實及雜物篩選出來，予以丟棄。
臺灣地區種植咖啡，適合那種採收方式，手工摘取、一次刷落式，或是機器採收？手工摘取的人工成本高，採收速度慢；一次刷落式的人工成本雖然比較省，卻會降低咖啡豆品質。機器採收的速度最快，品質卻最差。而且咖啡採收機的設備成本很高，只適合平緩地區的大規模咖啡園。目前臺灣咖啡種植面積還不普遍的一個主要原因，就是農民算計咖啡園的採收工資成本太高。想說若有更方便像機器採收的方式，將有更多人投入咖啡種植行列。殊不知機器採收不可能生產出高品質咖啡；爲了生產高品質臺灣咖啡，當然只有採用手工摘取的方式了。
3. 機器採收（Mechanical Harvesting）：澳大利亞和巴西的大農場，會利用大型自走式機器採收，從樹枝中剝除櫻桃，投入袋或貨車中。坊間普遍認爲只有利用人手挑選採摘，才能獲得優質咖啡。對於小啡農來說，沒錯。可是對於一個現代化的中至大型農場，使用不同的採收方法，也可以獲得優質咖啡豆。爲什麼？之前說過，只有新鮮成熟沒缺陷咖啡豆，纔可成爲優質咖啡豆，如果後期的篩選和分離技術做得好，無論如何採摘，也可只保留新鮮成熟沒缺陷的咖啡豆，成爲優質咖啡。
花謝後結出青綠色咖啡果實，經過六至八個月成熟期。咖啡果實的外果皮顏色逐漸變紅，色澤由淺紅色轉變成深紅色，再成爲暗紅色。當咖啡果皮顏色變成深紅和暗紅色時，成熟度最好，是最佳採收的時機。如果不適時採收下來，咖啡果實的顏色會慢慢轉成暗黑色，最後變得枯乾皺縮狀。由於咖啡果實的糖份含量很高，當果實變成枯乾皺縮狀時，容易受到黴菌感染，影向整批咖啡豆的品質。
生產高品質咖啡的原則，最重要的因素爲摘取熟透的咖啡果實，只有熟透的果實才有好的咖啡。採收之後不可能有任何改善品質的方法。有些人認爲可以用加工處理來改善品質，其實這是不對的。也不可能靠烘焙來提升品質。市面上有一個似是而非的說法，認爲一杯咖啡的品質好，歸功於烘焙師父的技術好，或是沖泡技術佳。其實，影向一杯咖啡品質的因素，主要有咖啡園管理技術、採收後的加工處理技術，最後纔是烘焙技術與沖泡技術。前二項纔是影向咖啡品質的基本要素。烘焙與沖泡只是把咖啡應有的品質給展現出來而已。
咖啡豆的品質在咖啡樹上已經決定了，生產者必須將焦點一直投注在咖啡樹上，生產出最佳品質的果實。唯有細心照料，才能獲得這種成果。單靠一次採收，並不能藉由當前所知的任何加工處理方式來加以改善品質。採收後卻有許多機會使咖啡豆腐敗，降低咖啡豆的品質。生產高品質咖啡的一個奧祕，就在咖啡果實採收後應儘速加工處理，並且保特處理過程的清潔，避免咖啡豆變質。
儘速進行咖啡處理過程的另外原因，是實際上咖啡豆會受到某些因素影向而失重。咖啡採收下來之後，很快受到某些新陳代謝影向，使咖啡豆裏面的糖分分解成二氧化碳而消失在大氣中。這種過程會一直進行下去，一直到咖啡豆被“抑制”或是乾燥到某種程度，纔會停止。
根據各種研究報告，發酵過程中失重率最高，將失去生豆重量的3-4﹪。
假使咖啡能夠在採收後24至36小時內完成加工處理過程，比堆放幾天後才進行處理，將可保住6﹪的重量。
切記：在完全熟透期間採收，只採收熟透的果實，並且儘可能迅速進行和完成後續處理作業。
咖啡豆的加工處理方式，主要有日曬法、水洗法、以及半水洗法三種。日曬法的處理過程爲果實採收之後，直接鋪在曬豆場日曬，直到乾燥。水洗法的整個流程包括：果實採收、初步篩撿雜物及劣質果實、去皮、發酵、水洗、日曬或機器乾燥、裝袋貯存、脫殼、篩撿分級。半水洗法的流程爲：果實採收、初步篩撿雜物及劣質果實、去皮、日曬乾燥、裝袋貯存、脫殼、篩撿分級。以上三種處理方式的實際操作流程，各不相同。水洗法和半水洗法的整個作業流程約需7至10個工作天，日曬法則需要3個星期以上，纔可能使咖啡豆達到12％的標準含水量。
