水洗是所有取豆方式中技術最高的一種，經過多道篩巽手續，咖啡品質得以確保。先把沉入水槽的紅色果子和半青半紅的果子移入大型或中小型的果肉篩出機（PulpingMachines)。它的設計相當巧妙，機械力將果子壓向一面篩孔，尺寸恰好是讓豆莢（既是羊皮屑包裹的咖啡豆）通過，而把豆莢外的果肉篩濾出來---利用未熟果子較硬.豆莢不易擠出，而成熟果子較軟，豆莢很容易就被擠出的特性，來擋掉未熟豆，並篩濾出甜度最佳的豆莢，因此機器推力大小的設定很重要，力道太大會把較硬且澀嘴的未熟豆擠出，有損精品豆的品質。一般推擠力設定在容許3%紅色果子的豆莢無法擠入篩孔，確保生硬的青果子全數剔除。 

取出紅色果子粘粘的豆莢後，移入大型水槽，接下來就是進行最重要的水洗髮酵處理除去豆莢上的果膠屑。此一粘稠物不易用水衝除，需以水槽內各種細菌進行水解，將果膠分解成果膠酸，在不斷攪拌磨蹭和沖刷槽內豆莢，加速果膠脫離豆莢。發酵過程約需16至36小時，視溫度和溼度而定，此時槽內會自然產生蘋果酸.檸檬酸.醋酸.乳酸和丙酸。有趣的是，生豆本身幾乎不含醋酸，但水洗處理的發酵過程，卻可增加豆子的醋酸濃度，有益咖啡風味。這些酸性物質不但可以抑制黴菌寄生，部分酸香精靈也會摻進豆裏（這就是爲何水洗豆果酸味較重的原因）但必須隨時取樣視豆莢上的粘稠果膠是否除乾淨，再決定是否停止發酵，取出乾淨豆莢。一旦超過36--72小時，就可能發酵過度，產生太多脂肪酸和酪酸（butynic acid)而發出惡臭，而且豆子摻進過多的酸性物亦會使咖啡過於酸澀，渝爲劣質豆