一般而言，咖啡的烘焙主要的作用在於：利用熱能作用來轉變咖啡中的成份，並將啡中的細胞壁打開，讓咖啡的精華成份容易溶解出來。而在烘焙的過程中，也利用熱能，讓咖啡中的水份揮發，並將其中不良的風味帶走，或是將其轉化成良好的風味。
因此，在咖啡豆烘焙程度的取決上，會依其特性而有不同的變化，如咖啡生豆原本的風味不好 （黴味、發酵味等不好的氣味） 就必須作長時間的烘焙來將其氣味消除，或是做深度烘焙來蓋過其味道，但是因爲用烘焙度來蓋過其原本的味道，所呈現出來的就不是咖啡的原本風味與香氣，而是一般所謂的咖啡香及咖啡味，且咖啡豆成份也因長時間及高溫的烘焙，開始焦糖化與炭化而產生苦味與香氣，而這些成份也通常會引起身體的不適感。
而經過深度烘焙的咖啡豆，其油脂較容易浮現在咖啡豆表面，一但跟空氣接觸就會開始產生氧化作用，而這氧化作用也讓咖啡豆開始酸化，而產生不良的酸味，而這刺激酸味，就是一般喝咖啡時所不喜歡的酸味，當然對身體也不好。
但如果是較精選的咖啡豆或是高海拔地區的咖啡豆，咖啡生豆原始風味良好，通常花果的香氣非常明顯或保有特殊的產區風味，此時的烘焙就應該以保留其良好的氣味爲主，不可用一般的烘焙方式來處理，避免去破壞其味道；因此烘焙度通常會以中淺烘焙爲主，所以，咖啡豆會帶有特有的產區風味，香氣會有舒適的花果香氣與甜味，味道會比較清爽帶有水果的酸味與甜味，口感滑順而不失其醇度。
其實，咖啡的烘焙就像是在煎牛排一樣，越好的牛肉就不應該過度煎煮，而去破壞其原始的風味；咖啡也是一樣，越高品質的咖啡生豆，就不應該過度的烘焙，而去破壞其原本的精華。
但是，爲什麼市面上的咖啡，都會烘焙過度呢？因爲烘焙較深，相對的，咖啡的味道也會較濃、較苦也比較有咖啡香，比較符合一般大衆對咖啡的印象，加入糖跟奶精後，纔不會被蓋過去，當然，如果使用的是一般的咖啡生豆，也不得不用深烘焙來蓋過其不好的風味。就像茶葉一樣，平地的茶葉通常會比較濃苦，而高山茶通常會比較清爽回甘。而咖啡豆只要烘焙到一定的程度，就不會有酸味，只剩下苦味，這也是一般大衆所喜歡的咖啡。
當然，也有些咖啡確實能夠以深烘焙才能夠完全表現出其特有的風味，但是在考量健康與美味之間的選擇上，我們希望能以健康爲前提，提供對身體不會產生不良影響的咖啡，讓喝咖啡對身體是種享受而不是負擔。
如何判斷咖啡的好壞呢？喝咖啡，除了香氣與口中的味道之外，最重要的是身體的感覺，試著含一口黑咖啡在口中，等溫度跟體溫一致時，接著慢慢的滑入食道與胃部，良好的咖啡會讓您感覺一股暖流通過食道，在胃部會有舒適的感覺，在通過喉嚨時，會有放鬆的感覺，口中會殘留咖啡的餘韻，接著再喝一口水，水會變得非常的甘甜；不好的咖啡，在食道與胃部會產生刺激感讓人覺得不舒服，在口中會殘留乾澀的感覺，會讓您想要喝水去沖淡。當然，如果一開始就加入糖或奶精的話，就比較沒辦法去分辨了。
在此，要替咖啡因說些公道話，一般都認爲咖啡因是引起心悸、頭痛、失眠與身體的不適，而一些所謂的咖啡專家又說，烘焙度越深，咖啡因越少，對人體的影響就越少；當然，在烘焙的過成中，咖啡因會因烘焙而減少，但也會不會因爲烘焙過深，將好的咖啡成份轉變成對人體有不好影響的成份呢？如果是良質的咖啡生豆，其本身的咖啡因質地是良好的，因此，保留其良好的咖啡因，會讓人放鬆，感覺舒適；但如果是劣質的咖啡豆，其咖啡因較刺激，既使烘焙再深，其咖啡因的影響還是存在，更多了因咖啡炭化所產生的不良物質，對身體反而影響更大。而一般會引起身體不適、心悸的咖啡，大多是帶有苦澀味，或是帶有刺激酸味〈咖啡油脂氧化而酸化〉的咖啡，而咖啡因除非經過 230 度以上的高溫烘焙，否則還是會殘留，而經過這麼高溫的烘焙，其物質也大多都炭化了……炭化也容易產生致癌物……
因爲開始接觸咖啡烘焙之後，纔會更瞭解咖啡的本質
