在上集我們知道病蟲害會摧毀咖啡的生長，也大致瞭解咖啡的害蟲種類。這一篇我們來看咖啡樹的疾病。
疾病也是咖啡農及咖啡樹的一大威脅，以下爲常見的幾種疾病：
咖啡葉鏽病
這個真菌感染的疾病是全球性的問題，而許多農民已經爲了抵禦此疾病努力了許久。英國廣播公司BBC強調此疾病有能力削弱甚至毀滅該國的咖啡產業，特別是以咖啡爲主要經濟作物、倚賴外銷出口的咖啡產國。
2012年葉鏽病嚴重打擊了中美洲的咖啡業，並在之後的兩年造成超過十億美元的經濟損失。
這個疾病會讓咖啡葉子的背面出現橘色有如鐵鏽的斑點，這個疾病會導致葉子掉落，就像咖啡潛葉蟲帶來的影響一樣。風吹雨淋都會傳播葉鏽病的真菌孢子，且這種真菌會在約21°C大量生長，所以這個疾病最常出現在種植於低海拔、溫暖、潮溼等氣候條件下的阿拉比卡樹。
由於此病限制了新莖的生長，不僅會影響當年度的產量，也會對隔年的咖啡收成帶來顯着的影響。
受葉鏽病感染的咖啡樹無法產出完全成熟的果實，即使成功生長出果實，也會產出重量較輕、喝起來有澀味的瑕疵豆。法國的研究報告指出：「嚴重感染葉鏽病的咖啡樹，會產出死豆，而經過水洗處理後可能會轉變爲棕色，而這些豆子會形成臭酸味以及其他異味。」
萎凋病
萎凋病是一種受真菌感染的咖啡樹幹的脈管疾病，會阻絕水分與樹液的循環，導致落葉、枝條壞死、果實成熟時間過早。
使用這些外觀紅色卻未熟的果實，可能會讓咖啡喪失酸質，增加苦味，甚至出現果實未熟的青味。
粉紅病（Pink Disease暫譯）
粉紅病是另一個受真菌感染的植物疾病（常見於咖啡、可可等經濟作物），會讓枝條出現粉紅色的網狀物，受感染的枝條會失去葉子導致死亡。此疾病主要出現在巴西的咖啡產區。
如何預防咖啡病蟲害
預防病蟲害最好的方法就是良好的農田管理。品種的選擇、遮陰樹管理、殺蟲劑的選用、植物的施肥都是考量的重點。
瓜地馬拉咖啡生產者及出口商Francisco提到，病蟲害可以透過良好的施肥來預防，同時監控生長環境的溫度溼度是很重要的動作，可以讓咖啡樹在最佳的時間生長並有良好的遮陰。
修剪與環境衛生
建議咖啡樹需要排定修枝行程，至少每五年要進行一次修剪，一旦超過這個時間，會讓咖啡樹提高感染葉鏽病的風險。
但修剪咖啡樹的過程可能會碰傷植物，而這些傷痕會容易受到真菌感染，特別是在雨季，所以修剪枝條與除草時需要避免碰傷咖啡樹。
同時也要注意修剪器具的清潔，以免咖啡樹之間互相感染。這些控制病蟲害的措施，稱之爲植物防疫措施。
種植的監控
監控對於預防咖啡樹病蟲害是關鍵，在農田端監控病蟲害有助於防止大規模疫情爆發，同時最大限度的減少化學用品的使用。不同國家的監控規範則有所不同。
哥倫比亞咖啡生產者Jhon Espitia說道，生產者需要紀錄開花的時間，以及施肥的時間與劑量，他建議使用土壤分析來確認具體的營養需求，並安排特定日期施肥並且監控。
他同時表示，農民需要追蹤咖啡樹的遮陰、雨量、溼度等。透過監控這些環境的條件，可以達到驅離病蟲害的效果。
殺蟲劑與替代方案
如果咖啡樹不幸感染病蟲害，一般人最先想到的可能是殺蟲劑，但化學殺蟲劑可能會造成水污染，破壞當地生態系統，導致野生動物的死亡。
法國研究報告指出，使用殺蟲劑會減少害蟲的天敵，導致日後害蟲數量可能會增加，而大衆也意識到化學藥劑對人體會造成危害，而找出不用殺蟲劑的方法也可以預防咖啡樹產生抗藥性。
但有時候使用殺蟲劑是必要的。同一份報告指出「在良好管理的除蟲管理計畫之下使用殺蟲劑，可以改善咖啡品質」，所以不用完全避免殺蟲劑的使用，可以同時研究出不用殺蟲劑的更好方法，雙管齊下。
不使用化學藥劑控管疾病的一個例子，就是對抗咖啡蠹蟲的害蟲綜合管理，這個方法使用控制環境和捕食者來預防咖啡蠹蟲。
哥倫比亞咖啡組織表示，當地農民會在咖啡田放出黃蜂，這些黃蜂會捕食果實內的蠹蟲。此外也會在咖啡樹撒上黴菌，以破壞咖啡蠹蟲的侵擾。該組織表示此種方法「允許哥倫比亞出產的咖啡維持低程度的污染，並讓出口的咖啡有穩定產量及品質。」
設陷阱也是另一個不使用殺蟲劑就能預防害蟲的例子。
咖啡生產者面臨許多挑戰，因爲有許多不可控的條件，諸如氣候變遷、全球經濟變化、害蟲與疾病的管理等，瞭解咖啡樹的害蟲與疾病是控制變化的第一步。
紀錄數據病使用植物防疫技術，只要使用一些小方法，就可以不用投資重本就能減少病蟲害的發生率。
