咖啡果可分爲兩個主要部分，果皮和種子。
果皮
果皮是果實的外層三層：外果皮（皮），中果皮（粘液）和內果皮（羊皮紙）。
外果皮（皮）
外果皮，也稱爲果皮，果皮或外果皮，是咖啡果實的最外層。它由單層緊密薄壁細胞（具有薄的主要壁的細胞形成，其含有葉綠體並且能夠吸收水）形成。果實發育開始時外果皮的顏色是綠色的，因爲葉綠體的存在隨着果實的成熟而消失（Castro和Marracini，2006）。成熟時的顏色取決於咖啡種類，但最常見的是紅色或黃色。紅色皮膚顏色來自花青素色素，而黃色皮膚顏色歸因於木犀草素（Borem，2008）。
Mesocarp（粘液）
中果皮，也稱爲粘液，是咖啡果實的果肉。雖然“紙漿”有時僅指中果皮，但該術語通常指的是外果皮和在製漿過程中去除的中果皮的一部分的組合。在未成熟的咖啡果實中，組織是剛性的。隨着成熟，果膠酶分解果膠鏈，產生富含糖和果膠的不溶性水凝膠（Borem，2008）。研究表明，隨着海拔高度的增加，中果皮的粘液/水比率增加（Borem，2008）。在溼法處理方法中，通過受控發酵除去該粘液層。在幹法中，粘液以及外果皮和內果皮在乾燥過程中保持完整（參見收穫和收穫後）以獲取更多信息）。
內果皮（羊皮紙）
內果皮或羊皮紙是果皮的最內層，是包裹咖啡豆的船體。它由三到七層厚壁細胞（纖維細胞作爲植物中的主要支持細胞）組成。在咖啡果實成熟期間，內果皮的細胞硬化，因此限制了咖啡種子或豆的最終尺寸。在阿拉比卡咖啡中，含水量爲11％的羊皮紙的平均重量約爲咖啡總重量的3.8％（Wilbaux，1961，Borém引用，2008）。
種子
咖啡種子或豆類包括銀皮，胚乳和胚。咖啡種子（豆）大小各不相同;然而，它們平均長10毫米，寬6毫米。
銀色皮膚
銀皮，也稱爲perisperm或spermoderm，是包裹種子的最外層。它由胚珠的珠心或中央部分形成。一般來說，一些殘留的銀色皮膚留在豆類預烤上，並在咖啡烘烤過程中脫落爲穀殼。銀色的皮膚可以從豆子上拋光;然而，人們普遍認爲這會減少咖啡的味道。還提出在研磨咖啡上存在大量銀皮是在其理想成熟之前採摘咖啡的標誌。在某些地區，銀色皮膚可能呈現較暗的色調，在這種情況下，豆類被稱爲狐狸豆。狐狸豆不被認爲是缺陷。
胚乳
胚乳是種子的主要儲備組織，並且僅由一種組織組成，儘管胚乳外部和內部的細胞的油含量和細胞壁厚度不同。胚乳的化學成分是最重要的，因爲它是烘焙咖啡的風味和香氣的前體。在胚乳中發現的化合物可以分類爲可溶於水或不溶於水。水溶性化合物是咖啡因，葫蘆巴鹼，煙酸（煙酸），至少18種綠原酸，單糖，二糖和低聚糖，一些蛋白質和礦物質，以及羧酸。不溶於水的組分包括纖維素，多糖，木質素和半纖維素，以及一些蛋白質，礦物質和脂質（Borem，2008）。
胎
胚胎由下胚軸（胚軸）和兩個子葉組成，長3-4毫米（Wintgens，2009）。咖啡種子通過表皮萌發發芽，其中下胚軸伸長並將種子向上推到地上。原來的子葉留在地下;然而，將會形成新的子葉。
