咖啡豆在出貨上市前要先經過去除外皮、果肉、賽果皮及銀皮。其方法有乾燥式(也稱天然法或非水洗式)與水洗式兩種。

　　乾燥式：

　　方法較爲簡單，首先將剛採下的果實廣佈在曬場上一兩個星期，直到果實發出霹啪的聲音爲止，自然乾燥之後，用脫殼機將幹掉了的果肉、內果皮和銀皮去除。

　　這種方式精製而成的咖啡豆，呈微酸而略有苦味。幾乎所有巴西出產的咖啡豆和埃塞俄比亞、也門等地的咖啡豆都是以這種方法取得的。這種方法的缺點是容易受天氣的影響，以及易摻入瑕疵豆和其它雜質。因此，必須細心地加以篩選才行。

　　水洗式：

　　將收成的果實放入流動的水槽，除去浮在水面的果實之後，用果肉去除機剝除外皮和果肉。再放入水槽，將浮出的果肉去除。之後，移入發酵槽，浸泡半天至一天，再將發酵的咖啡豆表面上的膠質溶掉。

　　用水洗過後，曬乾數日後以機器乾燥之，最後用脫殼機將內果皮去除，即成爲可作爲商品的生咖啡豆。用這種方式，比干燥式的咖啡豆色澤完美，且雜質也較少。哥倫比亞、墨西哥、危地馬拉等國家70%左右的咖啡都採用此方法。

　　外形的判斷

　　美味的咖啡，從其烘焙後咖啡豆的形狀即可知曉。當然不能有不良的咖啡豆混入，更要注意的是正常的豆也會摻入優質的咖啡豆而造成妨礙。一顆可沖泡出美味咖啡的咖啡豆，首先必須是外形肥美，而且縐折均勻，其次是大小一致且無色無斑。這些是視覺判別的要點，如果細心去看，不難分辨。

　　不良豆種類

　　發酵豆 採收前掉落土中發酵的咖啡豆。發黴的異味，會對咖啡美味造成很大的影響。

　　死豆 又稱未熟豆，或受氣侯因素的影響，發育不健全。烘焙後會產生煎斑，使咖啡有股青澀味。

　　黑豆 發酵豆，已腐敗、變黑的咖啡豆。因爲是黑色，一眼即可與正常的咖啡豆區分出來。

　　蛀蟲豆 受蟲侵害的咖啡豆。

　　殘缺豆 可能是在作業時卡到，或是搬運中處理不慎，造成咖啡豆的殘缺。在烘焙時有煎斑，且會產生苦味及澀味。

　　其它 殘留薄皮的豆、發育不良的豆、乾燥不完全產生黴味的豆