烏干達各地人民對英國的侵略進行了頑強的抵抗。1893年，英國派兵侵佔布尼奧羅王國，國王卡巴雷加率領部分民衆進行了長達 6年的游擊戰。1897年，布幹達國王姆旺加舉兵反英，後來在蘭戈地區與卡巴雷加會合。1899年 4月，兩位國王被俘，起義失敗。爲了便於統治，英國保存了布幹達、布尼奧羅、託羅、安科萊等封建王國及其君主，其中布幹達保留了較多的權利。但行政大權控制在以總督爲首的英國殖民官員手裏。直到第二次世界大戰後，個別非洲人才被允許參加殖民當局的行政和立法機構。在經濟上，英國將烏干達變爲棉花、咖啡等農產品供應地，竭力阻撓非洲人自己發展商業和加工業
烏干達是羅布斯塔種咖啡的原產國，但在這裏阿拉比卡種的商業種植直到1900年初纔開始。時至今日在烏干達依然有着大量的野生羅布斯塔種咖啡樹，這在世界上都市罕有的。作爲內陸國烏干達大的咖啡種植往往採取套種，在這裏咖啡樹與糧食作物以及橡膠樹夾雜在一起交相輝映，因爲自然環境的得天獨厚，這裏的咖啡平均一年咖啡花兩次，這也使得烏干達成爲了世界第一大咖啡蜂蜜的生產國烏干達咖啡種植業是其出口支柱產業之一，烏干達是非洲羅布斯塔發源地，如同埃塞俄比亞是阿拉比卡咖啡的原生地，羅伯斯特咖啡則是最早在烏干達發現的。至今，烏干達已有超過100年種植咖啡的歷史。同時，烏干達也是非洲少數致力於有機咖啡生產的主要國家。在烏干達（Uganda），阿拉比卡咖啡豆的產量只佔全國咖啡總產量的15％，烏干達最好的咖啡主要出產於東北部的沿着肯尼亞邊界的埃爾貢（Elgon）和布吉蘇（Bugisu）山區以及西部的魯文佐裏（Ruwensori）山區。