處理可分三大類：乾式處理法、溼式處理法、半乾式處理法，下面逐項作說明。
方法一：乾式處理法（dry processing）
這是俗稱“日曬”的古老方法，簡單說，就是摘下來的咖啡櫻桃，一層都不去除，直接在陽光下曝曬，直到豆子含水量降到10.5——12%爲止。如果陽光充足，此法最節省能源，如果陽光不足或其他的原因，也可能全程或部分過程使用乾燥機烘乾。由於乾燥過程未必一定要經由日曬，所以專業上不稱“日曬法”而稱“乾式處理法”，當然，曝曬於陽光下仍然是乾式處理法的主流。像伊索比亞、也門、巴西這些咖啡大產國，使用日曬法的比例，都超過80%，其他生產國也有不少採用此法，特別在水資源缺乏的地方。關於乾式處理法要補充幾點：
如果採用日曬乾燥，通常需要2——4周甚至更久的時間，根據天氣狀況及想要表現的風味而定。曬的時候必須小心，既要避免溫度過高，也要避免豆子長黴或因過度發酵而產生異味；
如果採用乾燥機烘乾，各項變因的控制會比較容易，乾燥速度也比日曬快，但會增加機器及能源成本，並且風味通常不如全程日曬的豆子；
處理完成的乾燥果實，通常就以帶著所有包覆層的狀態儲存，直到準備出貨時，纔將咖啡豆外面的包覆層以機械方式全部去除，這個程序稱爲幹磨（dry milling）；
乾燥時間的長短、溫度的高低，會給咖啡風味帶來不同程度的影響；例如，在較強的陽光和較乾燥的環境，如果沒有特別管控，膠質可能來不及發酵就已經乾燥完成，因此少了因潮溼及輕微發酵而帶入咖啡豆內的果香和甜感，豆子沒有什麼特色，就像大多數的巴西商業豆那樣，這也是日曬豆曾經名聲不佳的原因之一；而如果把乾燥時間拉長，並且適當控制溫度，讓咖啡果實經歷輕微發酵，豆子就會帶有多變的水果氣味。總之，複雜的果香，是精緻日曬豆的標準印記，也是其他處理法所不及的。不過也有少部分咖啡專業人士對乾式處理法並無好感，不認爲咖啡額外增加的果香是好風味，反而視之爲“污染”。
方法二：溼式
處理法（wet processing）
也就是俗稱的“水洗法”，是18世紀由荷蘭人研發的方法。荷蘭人之所以會研發這種方法，肇因於殖民地（如爪哇）潮溼多雨，缺乏持續的陽光，實施日曬法有困難（那個年代大概還沒有乾燥機）。傳統作法是這樣的：先去除咖啡櫻桃的外皮及果肉，然後將粘附膠質的帶殼豆置於水槽中發酵，使膠質中糖份分解，黏性消失，接著以清水沖洗掉羊皮紙外的所有殘餘物，最後拿去幹燥。由於少了果皮、果肉及膠質，乾燥時間大爲縮短。下面是關於溼式處理法的補充說明：
發酵完成的時間自12小時至6天不等，與當時的溫度、酵母菌數量、及採用的方法都有關；例如，若採用肯尼亞式水洗法（Kenyan method），須要通過不止一個發酵、沖洗週期，就要耗費幾天的時間；
決定何時停止發酵，是水洗法中非常重要的關鍵，如果發酵不完全，膠質就不容易洗乾淨，而如果發酵過頭，咖啡會沾染臭酸味；
傳統水洗法，在沖洗羊皮紙外殘餘物時，需要使用大量清水，容易造成環境污染，但如今工業技術已經有了創新，例如，將水過濾後循環使用，或者以磨擦機取代水衝，都可以大幅減少用水量，這也是何以專業上不稱“水洗法”而稱“溼式處理法”的緣故；
溼式處理的咖啡有個特點：膠質發酵過程中所產生的酸，部分會進入豆內，同時，由於乾燥時已經沒有果肉和膠質附著在羊皮紙外，因此少了日曬豆那種特有的果香，風味偏向於乾淨明亮，酸度也比較明顯。
方法三：
半乾式處理法（semi-dry processing）
這是介於乾式、溼式兩種處理之間的方法，可以再分兩類：去皮日曬法及蜜處理法。兩類處理法基本上十分相似，都是先如同溼式處理一般，去除咖啡櫻桃的外皮，但跳過溼式處理的“水池發酵、清水沖洗”過程，直接拿到陽光下嚗曬。雖然看來方法差不多，卻因爲其中一項重要差異，造成兩種大不相同的風味，值得分開來說明。
（A）去皮日曬法（pulped natural）
這是上個世紀80——90年代，由巴西的咖啡設備製造商，Pinhalense所研發的方法。Pinhalense歷經多次實驗，研發出近代的脫皮機（depulper，也稱果肉分離機），以擠壓的方式，自成熟的咖啡果實中把種子取出，並利用高科技壓力清洗機（high-tech pressure washing machine）儘量去除膠質，然後拿去曬乾到所需程度。由於少了發酵過程，無論過度發酵或發酵不足的風險都減少，咖啡豆的品質趨於一致；但也正因爲少了這一道程序，咖啡的風味稍嫌單調。因此，高品質咖啡很少以這種方法來處理。這種處理法使用的水量比水洗法少得多，而且部分作法類似溼式處理（去果皮及果肉），部分作法類似乾式處理（不經水池發酵），所以也被稱爲半水洗法（semi-washed method）。附帶一提，巴西和哥倫比亞，有一兩家公司以高壓自動化清洗設備登記專利，在市場上形成準壟斷狀態。
咖啡豆蜜處理法（英文常寫作honey proces），是在去皮日曬法基礎上作了部分改良後的方法，目前風靡於哥斯達黎加及薩爾瓦多，並逐漸在中美洲流行，甚至擴及全球的咖啡產國。名稱的由來，是因爲豆子在乾燥過程中，刻意保留部分膠質（蜜），它的來歷及方法如下：上個世紀90年代，哥斯達黎加研發出果膠刮除機（demucilager），用以取代巴西的果肉分離機（depulper），兩種機器不同之處在於，果膠刮除機可以調整壓力及口徑大小，在去除果皮的過程中，保留咖啡豆部分或全部的膠質，然後豆子連同膠質拿去日曬（帶膠質的豆子無法使用機器輔助乾燥，必須擔負過度發酵或長黴的風險）。由於在乾燥過程中，膠質會有短時間發酵，咖啡豆因而增添了一點酸度，同時膠質中的糖份也有少許滲入豆內，使咖啡多了一點甜感，這是巴西的去皮日曬法所沒有的。有些處理者甚至根據膠質的保留量，稱自己的咖啡爲40%、60%、80%或100%蜜處理咖啡豆，不過對這種說法大概要持保留態度，因爲實際上不可能作得如此精確。如今比較流行的稱呼，是以顏色來代替百分比，有所謂黑蜜、紅蜜、黃蜜、白蜜之分別，膠質保留得愈多，乾燥後的豆子顏色愈深，咖啡風味也愈近似於日曬處理咖啡。
