咖啡烘焙的時候如果混入過多瑕疵豆，成品會出現顏色斑駁的情況。與正常的豆子相比，瑕疵豆氧化的速度異常快速，有時烘焙過後會呈現白色。在超市或咖啡店等店面常會販售便宜的咖啡豆，將那些包裝打開一看，可以發現其中混入了許多烘焙不均的豆子，這都是因爲省略了手工挑選步驟直接烘焙而造成的結果。
瑕疵豆的分類
黑豆
外觀爲不透明黑色，按照黑的部分所佔整顆咖啡豆比例不同分爲全黑與局部黑豆。當黑的區域小於豆體50%，那麼就作爲局部黑豆處理，否則就作爲全黑豆處理。
成因：咖啡果成熟期水分供給不足，影響植物代謝或採摘的未熟豆被高溫乾燥（高於30攝氏度）
對風味的影響：會產生不舒服的發酵或臭味，髒，黴，酸和酚味。
危害：赫麴黴素A，會危害到肝和腎，雖然有學者研究稱80%的毒素經過烘焙（200攝氏度）都會降解，但儘量能挑就挑掉吧。
酸豆
外觀顏色有一點點類似淡黃褐色或紅褐色，有時候在日曬豆中很容易和銀皮的顏色混雜在一起，較難辨認。通常在胚乳點是黑色的(箭頭所指位置)，切開豆子時可聞到醋酸類的酸嗆味。酸豆分爲全酸與局部酸豆兩類，區別方法與黑豆類似，如果少於50%的豆體就歸於局部酸豆，否則就是全酸豆。
成因：酸豆的主要成因是發酵過度。如果咖啡周邊的環境比較潮溼，熟了的咖啡果在樹上未及時採摘就會發酵過度；採摘後的咖啡果如果存放時間過長而未及時進行處理，也會發酵過度；水洗中發酵水池髒污，或者用水髒污也會造成酸豆；乾燥時，如果咖啡果實幹燥緩慢，加上鋪疊不當，也會造成咖啡果實發酵過度而形成酸豆。
對風味的影響：過度發酵的酸味，令人反胃噁心。
黴菌豆
黴豆的顏色有點類似酸豆，是黃色或者紅褐色，但是一個很明顯的區別是，黴豆會有一個小凹斑，有點白色的粉末狀在斑處，這些粉末就是黴菌的孢子，非常容易干擾其他生豆。
成因：種植和後期處理中豆有可能造成黴豆。造成黴豆的黴菌在一定的溫度和溼度條件下豆可能滋生並感染咖啡生豆。
對風味的影響：黴土味，酚味。貓爺感覺口中那種雜土味比較明顯，類似像喫到了一顆壞的瓜子，嘴裏很明顯的粗糙砂礫感和苦味。跟黑豆一樣，有赫麴黴素A的生理病毒危險。
外來物
大體積的外來物是比較容易從外觀上辨別，但是像小石子一類的一般很難從生豆中快速的辨識，只能藉助輔助設備來剔除雜質，避免對烘焙機以及磨豆機造成影響。
成因：在處理過程中的各個階段豆都可能引入外來物（多由於人爲原因）
對風味的影響：有的外來物會影響生豆導致杯中的瑕疵味
蟲蛀豆
蟲蛀豆外觀上會發現有小孔洞，而且由於蟲子鑽進鑽出一般正反面都有洞，嚴重的蟲洞有時會幾個小洞連成一片，而且跟破損豆一樣由於豆體被損壞很容易在蟲蛀的區域被氧化以及感染黴菌。
成因：蟲蛀豆都是種植過程中產生的。咖啡甲蟲會鑽進咖啡豆中產卵，然後卵蟲會寄生在咖啡豆中，吸收咖啡豆的營養。蟲蛀豆的蟲洞一般是成對出現的（一進一出）。
對風味的影響：髒味，酸味，酚味和黴味。
未熟豆
未熟豆顯著的特徵是銀皮依附比較緊。未熟豆通常較正常生豆小，豆體內凹，兩邊緣比較銳利。
成因：未熟豆都是種植過程中產生，比如不恰當的採摘和在高海拔地區種植晚熟的咖啡品種。
對風味的影響：青草味，麥稈味。
萎縮豆
萎縮豆比正常豆要小，而且最顯著的是有脫水的那種褶皺狀，類似葡萄乾
成因：萎縮豆只在種植過程中產生，大多是由於乾旱導致咖啡樹發育不良，無法運送所需的養料給咖啡果實。
對風味的影響：輕微的青草味，麥稈味。
貝殼豆
貝殼豆有兩部分，外部的是通常說的“貝殼”形，內部的一部分或者是錐形或者是柱形。
成因：現在研究認爲，貝殼豆多是由於品種基因造成，常見於肯尼亞SL28/SL34品種。
對風味的影響：焦嗆味（由於貝殼豆密度小，非常容易被烘焙過程中的高溫烤焦甚至燃燒
帶殼豆
帶殼豆一般會全部或者部分被羊皮紙殼覆蓋，外觀（殼）顏色呈土黃色。
成因：主要是在乾燥後的去皮過程中，如果去皮機老化或者調教不當都會造成帶殼豆漏過。
對風味的影響：木質味。（如果帶殼豆所佔比例較多，木質味會很明顯）
咖啡生豆是影響風味最主要的因素，因此爲了一杯好咖啡，瑕疵豆還是必須清除的，這不僅僅可以保證烘焙的穩定性，也是咖啡容錯率的最有效保證
