我們所說的咖啡豆其實是一種類似櫻桃的水果的種子。咖啡樹結出漿果，叫做咖啡漿果，顏色變亮紅就說明已經成熟，可以採摘了。果實成簇結在樹枝上。咖啡漿果的外皮(外果皮)又厚又苦。然而，裏面的果實(中果皮)很甜，有葡萄的質感。接下來就是薄壁組織，這是像蜂蜜的黏糊糊的一層膜，可以保護咖啡豆。咖啡豆本身也覆蓋了一層類似於羊皮紙的包裹層，叫做內果皮。它可以保護兩粒青綠色的咖啡豆，當然咖啡豆上還有一層叫做種皮或銀色外皮的薄膜保護。

咖啡一般每年收穫一次。收穫時間根據地理位置而定，但通常情況下，北半球在九月至三月收穫，而南半球則在四月至五月收穫。咖啡一般是用手工採摘的，可以一次從樹枝上擼下全部漿果，或有選擇性地採摘。後一種方式代價比較大，僅適合採摘阿拉比卡咖啡豆。

採摘之後的下一步工作就是處理了。有兩種處理方法：

曬乾法——最簡單又最經濟的方法，採下的咖啡漿果直接放在太陽底下，鋪開曬乾。然後不斷用耙子進行翻動，晾曬七到10天直至水分含量降低到11%。咖啡漿果的外皮將會變黃，裏面的咖啡豆會晃動作響。

水溼法——曬乾法和水溼法的主要區別在於，水溼法中咖啡漿果的果漿在採下24小時之內須從咖啡豆內除去。可以用洗漿機把皮和果漿洗去。然後咖啡豆就在發酵箱中擺放12至48小時。自然酶將羊皮紙樣的包裹層上的黏稠質褪下。然後，咖啡豆要麼由太陽曬乾要麼由機器烘乾。

咖啡豆晾乾以後，所有的包裹層都從咖啡豆上剝落下來(這個過程叫做去皮)。偶爾也會動用專門爲剝除剩下的一點銀色外皮而設計的機器。然後根據大小，根據比重，對咖啡豆進行分級和分類。咖啡豆要麼放在傳送帶上用手分類，要麼用鼓風機將輕的(次品)和重的分開。

裝運的咖啡是未經過烘焙的。這叫做綠咖啡。一般存放在黃麻或波爾麻袋內，或者用大型塑料貨運集裝箱裝運。每年全世界各地裝運的綠咖啡多達7百萬噸。